针对您提出的“农村自建房有证离婚之后怎么起诉”的问题，这确实是一个涉及法律程序和财产分割的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、明确房产性质与归属
首先，您需要明确农村自建房的建造时间和出资情况，以确定其是否属于夫妻共同财产。
婚前建造：
- 如果自建房是由一方在婚前独自完成建造，且资金来源于其个人或家庭，同时产权登记在该方名下，那么该房屋通常被视为婚前个人财产。离婚时，另一方无权要求分割。
- 如果婚前一方出资建房，但产权登记在双方名下，这通常被视为对另一方的赠与，房屋应认定为夫妻共同财产。
婚后建造：
- 如果自建房是夫妻双方在婚后共同出资、出力建造的，无论哪一方主导或参与更多，该房屋均被视为夫妻共同财产。
二、协商分割或起诉分割
在明确了房产性质与归属后，您可以根据以下两种方式进行处理：
协商分割：
- 夫妻双方可以尝试通过协商来确定自建房的归属和补偿方式。例如，一方可以获得房屋并给予另一方经济补偿，或者将房屋出售并分割所得款项。
- 协商分割需要双方达成一致意见，并签订书面协议。只要协议合法且不损害他人利益，法院通常会尊重双方的意愿。
起诉分割：
- 如果协商不成，您可以向人民法院提起诉讼，请求法院对自建房进行分割。
- 在起诉时，您需要准备相关证据，如房产证、土地证、建造合同、出资证明等，以证明房屋的建造时间、出资情况以及您的权益。
- 法院将根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释的规定，综合考虑房屋使用情况、双方贡献大小、婚姻过错等因素进行裁决。
三、特殊情况的处理
在处理农村自建房分割问题时，还需要注意以下特殊情况：
家庭共有财产：
- 如果自建房是家庭成员共同出资建造的，属于家庭共有财产。离婚时不能直接进行分割，需先进行析产，确定夫妻双方在该房屋中所占的份额，然后再对夫妻双方的份额进行分割。
宅基地使用权：
- 对于位于农村宅基地上的自建房，土地使用权的归属会影响房屋的分割。宅基地使用权一般归农村集体经济组织成员所有。离婚时，宅基地使用权的归属需根据建房时的申请情况及夫妻双方是否均为本村集体经济组织成员来确定。若一方非本集体经济组织成员，宅基地使用权通常归属于本组织成员的一方，但获得使用权的一方可能需要对另一方进行合理补偿。
四、法律建议
咨询专业律师：
- 离婚时农村自建房的判决涉及多个法律知识点和复杂因素。为确保自身权益得到妥善保护，建议您在处理此类问题时寻求专业律师的帮助。
准备充分证据：
- 在起诉分割前，您需要准备充分的证据来证明您的权益。这包括房产证、土地证、建造合同、出资证明等文件。
保持冷静与理性：
- 离婚是一个敏感而复杂的过程，但请尽量保持冷静与理性。通过合法途径解决争议，避免采取过激行为或言语攻击。
希望以上解答能够帮助您更好地理解农村自建房在离婚时的分割问题，并为您提供一些实用的法律建议。如果您还有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询专业律师。