夫妻在离婚过程中，如果涉及到共同拥有的公司，确实需要谨慎处理。以下是根据相关法律法规及实践经验，为您提供的详细处理建议：

一、明确公司财产性质

首先，要确定公司的财产性质。如果公司是由夫妻一方以其个人财产投资设立的，那么股权本身属于该方个人财产，但婚姻关系存续期间因股权产生的收益（除孳息和自然增值外）应视为夫妻共同财产。如果公司是由夫妻共同财产投资设立的，那么处理方式会依据公司性质有所不同。

二、协商处理方案

双方应首先尝试通过协商来解决公司的分割问题。协商的内容可能包括股权的分割、公司的经营、未来的债务承担等。以下是一些可能的协商结果：

1. 双方都想继续经营：可以协商调整股权比重，并前往工商局办理变更登记。
2. 一方想退出：可以选择股权转让给另一方，双方协商价格。如果对外转让，需要遵循《公司法》的相关规定，其他股东有优先购买权。
3. 双方都不想经营：可以对公司进行清算，清理债权债务后，按照夫妻共同财产的分配原则来分割剩余财产。

三、评估与分割

1. 评估公司价值：为了确保分割方案的公平性，建议聘请专业的会计师或评估师对公司进行全面评估。
2. 签订正式协议：协商达成一致后，应签订书面协议，明确分割的细节、双方的权利义务，以及未来的经营和债务承担等问题。

四、办理法律手续

根据协商达成的协议，需要在相关政府部门（如工商局）办理股权变更、资产转移等必要手续。同时，也要确保整个处理过程严格遵守《公司法》、《民法典》等相关法律法规，避免因程序违法而产生纠纷。

五、注意事项

1. 寻求专业咨询：鉴于问题的复杂性，强烈建议夫妻双方寻求专业的法律咨询和财务顾问的帮助。
2. 注意保密性：在处理过程中，应尽量保持低调和保密，以减少对公司声誉和员工士气的影响。
3. 考虑公司未来：在协商分割方案时，不仅要考虑当前的利益，还要考虑公司的未来发展和稳定性。

综上所述，夫妻离婚时处理公司财产是一项复杂而敏感的任务。通过明确的沟通、专业的咨询和合理的协商，可以制定出既公平又符合双方利益的解决方案，从而确保离婚过程的顺利进行，并最大限度地保护公司和双方的合法权益。