备案食品安全企业标准的部门通常是各地的卫生健康部门。

以河北省和上海市为例，河北省的食品安全企业标准备案管理工作由河北省卫生健康委负责，而上海市的食品安全企业标准备案管理工作则由上海市卫生健康部门负责。这些部门会依据相关法律法规，如《中华人民共和国食品安全法》、《中华人民共和国食品安全法实施条例》以及地方性的食品安全条例等，对食品企业提交的企业标准进行备案管理。

备案流程通常包括企业提交备案材料，卫生健康部门对材料进行审核，并在官方平台上公布备案的企业标准，供公众免费查阅、下载。如果备案的食品企业标准被发现违反法律、法规、食品安全国家标准或地方标准，企业应当予以改正，并在备案平台上进行明示。

因此，如果您需要备案食品安全企业标准，建议咨询当地的卫生健康部门，了解具体的备案流程和要求。