当您在工作中受伤并自行垫付了医疗费用后，可以采取以下步骤来处理这些费用：

一、保留所有相关凭证

在工伤治疗过程中，请务必妥善保存所有与治疗相关的费用凭证，如医院的发票、详细的诊断证明、费用清单等。这些凭证是后续主张自身权利的关键依据，一旦丢失，可能会给后续的赔偿流程带来不必要的麻烦。

二、及时与单位沟通

受伤后，应尽快向用人单位说明工伤情况以及自己垫付费用的事实，并请求单位在工伤认定和理赔程序中提供协助。单位的协助对于后续的费用报销和赔偿处理至关重要。

三、申请工伤认定

工伤认定是获取赔偿的前提。您需要按照相关规定，尽快向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请。如果单位已经为您缴纳了工伤保险，那么在工伤认定完成后，您可以向社保部门申请由工伤保险基金支付相关费用，包括您之前垫付的医疗费。

四、协商与理赔

1. 单位参保情况：

   • 如果单位为您缴纳了工伤保险，那么您可以依据工伤保险政策，通过单位向社保部门申请报销垫付的医疗费用。
   • 如果单位未为您参保，那么全部赔偿责任应由单位承担。单位需按照工伤保险待遇标准支付您垫付的费用以及其他应得的赔偿。

2. 协商与争议解决：

   • 在整个处理过程中，您可以与单位或社保部门进行协商，争取尽快达成赔偿协议。
   • 若协商无法达成一致，您可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自身的合法权益。

五、注意报销流程与标准

不同地区的报销流程和标准可能会有所差异。在提交报销申请前，请务必了解并遵循当地社保部门的相关规定。通常，医疗费报销比例根据各地规定有所不同，但一般在80%-90%左右。

综上所述，处理工伤后自己垫付的医疗费用需要您保留好相关凭证、及时与单位沟通、申请工伤认定，并根据单位参保情况选择相应的理赔途径。在整个过程中，您可以与单位或社保部门进行协商，如有争议，可通过法律途径解决。希望这些信息能对您有所帮助。