公司困难只支付基本工资是否合法，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
劳动合同明确约定：
- 如果劳动合同中明确规定了在某些特定情形下（如企业经营困难等），公司可以只发放基本工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司只支付基本工资是合法的。
规章制度合法有效：
- 公司有合法有效的规章制度，且规章制度中明确规定了在某些条件下可以只发基本工资，同时该规章制度的制定程序合法，员工也知晓并接受了这些制度，那么公司只支付基本工资也是合法的。
特殊情况下的协商与同意：
- 在遇到不可抗力因素或公司确实面临严重经营困难时，如果公司与工会或职工代表大会协商一致，并向员工说明情况，只发基本工资通常是被允许的。
不合法情况
无故降低工资：
- 如果没有任何合同约定或法定理由，公司单方面决定只发基本工资，降低员工的工资待遇，这是不合法的。这种行为擅自变更了劳动合同的重要内容，严重损害了员工的权益。
低于最低工资标准：
- 即便劳动合同中只约定了基本工资，用人单位在实际支付过程中也需确保基本工资不低于当地的最低工资标准。如果基本工资低于这一标准，同样是不合法的。
劳动者应对建议
了解自身权益：
- 劳动者应仔细查阅自己的劳动合同和公司规章制度，了解自己的工资构成和支付标准。
与公司协商：
- 如果公司只支付基本工资，劳动者应首先与公司进行协商解决，要求其按照劳动合同约定支付足额工资。
寻求法律帮助：
- 如果协商无果，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或者提起劳动仲裁、诉讼来维护自己的合法权益。在此过程中，劳动者应保留好相关证据，如劳动合同、工资条等。
综上所述，公司困难只支付基本工资的合法性取决于多种因素的综合考量。劳动者在面对此类问题时，应了解自己的权益并采取适当的措施进行维权。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。