一般情况下，已抵扣的发票不能作废。因为发票抵扣意味着该发票已被用于申报抵扣进项税额，其信息已在税务系统中进行了处理。然而，如果出现特殊情况，如发票开具错误等，可按规定申请开具红字发票进行冲销。但申请开具红字发票需要满足一定条件，且需经过税务机关的审核批准。

具体来说，如果购买方取得专用发票并已用于申报抵扣，但后来发现发票有误或需要退回，购买方可在增值税发票管理新系统中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》。在填开《信息表》时，不填写相对应的蓝字专用发票信息，而应暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出。待取得销售方开具的红字专用发票后，与《信息表》一并作为记账凭证。

总之，已抵扣的发票不能直接作废，而需通过开具红字发票的方式进行处理。如果您在实际操作中遇到此类问题，建议详细咨询当地税务机关或专业律师，以确保合规处理。