当购买方已完成退货，但发票已经抵扣时，该发票不能直接作废。正确的处理方式是通过开具红字增值税专用发票来进行调整。以下是详细的处理流程：

一、为什么不能直接作废？

增值税发票在抵扣后，即表示该发票已经完成了税务系统的认证和抵扣流程，成为了企业进项税额的一部分。此时，如果直接作废该发票，将会对税务系统的数据完整性和准确性造成不良影响。因此，按照相关法律法规的规定，已抵扣的增值税发票不符合直接作废的条件。

二、正确的处理方式

1. 开具红字增值税专用发票

红字发票是一种特殊的发票，专门用于更正之前开具的蓝字发票中的错误或处理退货等事务。其开具流程如下：

• 购买方操作：

  • 购买方需在增值税发票管理新系统中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》（以下简称《信息表》）。
  • 在填开《信息表》时，不填写相对应的蓝字专用发票信息，而是应暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出。

• 销售方操作：

  • 销售方凭税务机关系统校验通过的《信息表》，在新系统中以销项负数开具红字专用发票。
  • 红字专用发票应与《信息表》一一对应，确保信息的准确性和一致性。

• 后续处理：

  • 购买方取得销售方开具的红字专用发票后，需与《信息表》一并作为记账凭证，以确保账务处理的合规性。

2. 申请开具红字发票的条件

申请开具红字发票并非随意进行，而是需要满足一定的条件，并且必须经过税务机关的审核批准。因此，在处理已抵扣的增值税专用发票时，务必严格遵守相关的税收法律法规和规章制度，确保操作的合法性和合规性。

三、注意事项

• 如果在实际操作中遇到不确定或不清楚的情况，建议咨询专业的税务机构或人员进行了解和指导，以确保税务处理的准确性和合规性。
• 购买方在收到发票后，应尽量在次月初进行勾选认证，以避免因销售方作废发票而导致的风险。
• 销售方在开具发票时，应仔细核对信息，确保发票的准确性和合规性，避免因开票错误而导致的退票和红字发票的开具。

综上所述，对于已抵扣的增值税发票，企业应通过开具红字增值税专用发票的方式进行调整和处理，而非直接作废。