总包代付农民工工资时，劳务公司仍然需要交税。具体分析如下：

1. 劳务公司与农民工的劳动关系：

   • 农民工与劳务公司建立劳动关系，是劳务公司的员工。
   • 劳务公司负责具体用工、派工等事项，并制作工人工资表。

2. 总包代付工资的性质：

   • 总包方根据劳务公司提供的考勤表、发放清册、委托代付协议等直接支付农民工工资。
   • 款项虽然是总包支付，但具体支付的金额由劳务公司决定。

3. 税务处理：

   • 劳务公司作为雇主，有义务代扣代缴农民工的个人所得税。
   • 劳务公司还需要根据税法规定，对其所得进行纳税申报和缴纳。

4. 账务处理：

   • 劳务公司在账务处理时，会将工人工资作为成本支出进行核算。
   • 总包方在代付工资后，会与劳务公司进行结算，并调整相应的账务记录。

综上所述，即使总包方代付了农民工工资，劳务公司仍然需要履行其作为雇主的税务义务，包括代扣代缴个人所得税和进行纳税申报。同时，劳务公司还需要根据税法规定对其所得进行纳税。因此，总包代付农民工工资时，劳务公司仍然需要交税。