房地产企业销售自建房时，增值税的交纳是一个核心环节，具体规定和操作流程如下：

一、增值税纳税身份确定

首先，需要确定房地产企业的纳税身份，是一般纳税人还是小规模纳税人，这将直接影响增值税的计算和缴纳方式。

二、一般纳税人增值税计算与缴纳

1. 新项目（2016年5月1日后开工）：

   • 适用一般计税方法，销售额为全部价款和价外费用扣除当期销售房地产项目对应的土地价款后的余额。
   • 销售额计算公式：销售额 =（全部价款和价外费用 - 当期允许扣除的土地价款）÷（1 + 税率），其中税率为9%。
   • 当期允许扣除的土地价款按特定公式计算，并需取得省级以上财政部门监（印）制的财政票据。
   • 应纳税额以当期销售额和9%的税率计算，抵减已预缴税款后向主管国税机关申报纳税。

2. 老项目（2016年4月30日前开工）：

   • 可选择适用简易计税方法，以取得的全部价款和价外费用为销售额。
   • 按5%的征收率计算应纳税额，不得扣除对应的土地价款。
   • 同样需要抵减已预缴税款后向主管国税机关申报纳税。

3. 预缴税款：

   • 采取预收款方式销售时，应在收到预收款时按照3%的预征率预缴增值税。
   • 预缴税款计算公式：应预缴税款 = 预收款 ÷（1 + 适用税率或征收率）× 3%，其中适用税率或征收率根据计税方法选择确定。

三、小规模纳税人增值税计算与缴纳

• 以取得的全部价款和价外费用为销售额，按5%的征收率计算应纳税额。
• 同样需要在收到预收款时按照3%的预征率预缴增值税。
• 应预缴税款计算公式与一般纳税人相似，但征收率为5%。

四、其他注意事项

• 房地产开发企业在销售自建房时，还需关注城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加、土地增值税、企业所得税以及印花税等其他税种的缴纳。
• 增值税发票的开具也需符合相关规定，一般纳税人可自行开具增值税发票，而小规模纳税人则需根据需求选择自行开具或向主管国税机关申请代开。

综上所述，房地产企业销售自建房的增值税交纳涉及多个方面，包括纳税身份确定、销售额计算、预缴税款以及发票开具等。企业应严格按照税法规定进行操作，确保税务合规。