预交增值税的计算方式对于房地产开发企业来说，主要依据其纳税身份（一般纳税人或小规模纳税人）以及所选择的计税方法（一般计税方法或简易计税方法）来确定。以下是对不同情况下预交增值税税率及计算方式的详细解答：

一、一般纳税人

对于一般纳税人而言，采取预收款方式销售自行开发的房地产项目时，应在收到预收款时按照3%的预征率预缴增值税。具体计算方式如下：

应预缴税款 = 预收款 ÷ (1 + 适用税率或征收率) × 3%

其中，适用税率或征收率根据计税方法的不同而有所区别：

• 适用一般计税方法计税的：按照9%的适用税率计算。即，应预缴税款 = 预收款 ÷ (1 + 9%) × 3%。
• 适用简易计税方法计税的：按照5%的征收率计算。即，应预缴税款 = 预收款 ÷ (1 + 5%) × 3%。

纳税时间为取得预收款的次月纳税申报期内，按月申报。

二、小规模纳税人

对于小规模纳税人而言，同样在收到预收款时按照3%的预征率预缴增值税。计算方式如下：

应预缴税款 = 预收款 ÷ (1 + 5%) × 3%

注意，这里直接使用了5%的征收率进行计算，因为小规模纳税人通常不采用一般计税方法。

纳税时间为取得预收款的次月纳税申报期或主管税务机关核定的纳税期限内，按月或者按核定期限申报。

三、实例说明

假设某房地产开发企业为一般纳税人，采取预收款方式销售自行开发的房地产项目，收到预收款109亿元，且适用增值税税率为9%。那么，该企业应预缴的增值税为：

应预缴税款 = 109 ÷ (1 + 9%) × 3% = 3亿元

综上所述，房地产开发企业预交增值税的计算方式主要依据其纳税身份和计税方法来确定。在实际操作中，企业应根据自身情况选择正确的计算方式，并按时向主管税务机关预缴税款。