您好，更换第三代医保卡通常不会耽误单位为您交纳医保。当您更换新的社保卡后，虽然社保卡号发生了变化，但这并不会影响您的社保和医保缴纳情况，因为相关的缴纳信息是与您的个人身份信息绑定的，而不是与特定的社保卡号绑定。

关于您提到的原来医保卡里的余额问题，更换社保卡后，原卡里的余额会自动转移到新卡里。如果您在更换后发现新卡余额为零，这可能是因为余额转移的过程尚未完成，或者需要您进行一些额外的操作来确认转移。

在这种情况下，建议您按照市医保部门的建议，携带您的身份证前往银行进行处理。银行工作人员会帮助您查询余额转移的情况，并协助您完成任何必要的操作，以确保您的医保余额能够正确转移到新卡上。

总的来说，更换第三代医保卡不会对您的医保缴纳产生影响，而原卡余额也会自动转移到新卡上。如果遇到任何问题，您可以及时联系当地医保部门或银行寻求帮助。