超容积率补交土地出让金的规定及流程通常遵循以下步骤，这些步骤是基于一般性的法律法规和实践经验整合而成，具体操作时可能会因地区差异而有所不同，请以当地相关部门的具体规定为准。
一、明确责任主体与超容积率认定
- 责任主体：超容积率情况下，补缴土地出让金的责任主要由土地使用者（如开发商）承担。
- 超容积率认定：这一步骤由自然资源部门负责，通过规划核实、实地测量等手段，依据规划审批文件综合判断实际建设的容积率是否超出原土地出让合同或规划条件中约定的指标。
二、评估与计算应补缴金额
- 委托评估：自然资源部门会委托具有资质的土地评估机构，采用市场比较法、收益还原法等合适方法，对超容积率增加建筑面积部分的土地市场价值进行评估。
- 计算方法：应补缴的土地出让金通常按照“增加的建筑面积 × 重新评估确定的楼面地价”来计算。其中，“增加的建筑面积”是指实际容积率下的总建筑面积减去原合同约定容积率对应的建筑面积；“楼面地价”则是土地单价除以容积率得出的每平方米建筑面积的土地价格，这一价格需综合考虑当前土地市场状况。
三、补缴流程与协商签订补充协议
- 提交申请：土地使用者需向自然资源部门提交补缴申请及相关材料，包括但不限于超容积率建设的情况说明、评估报告等。
- 审核与通知：自然资源部门对申请进行审核，通过后出具补缴通知单，明确补缴金额、期限等具体要求。
- 协商与签订协议：双方可就补缴事宜进行协商，包括可能的分期缴纳安排等。协商一致后，签订补充协议，明确补缴的具体条款，并对原土地出让合同进行相应修改或补充。
四、缴纳与办理后续手续
- 缴纳土地出让金：土地使用者需按补充协议约定的方式和期限将应补缴的土地出让金缴纳至指定财政账户，并提供支付凭证和证明材料。
- 办理后续手续：缴纳完成后，向自然资源部门提交必要的证明材料，办理后续的规划、建设等审批手续，确保项目合法合规进行。
五、监管与验收
相关部门会对补缴情况进行监管，并在项目完成后进行验收，确保项目符合规划条件和土地出让合同的要求。
注意事项
- 超容积率建设可能涉及违法违规问题，处理时应谨慎并确保行为合法合规。
- 具体补交程序和规定因地区而异，实际操作中应咨询当地自然资源部门或专业律师以获取准确信息和指导。
- 在整个过程中，土地使用者应积极配合政府部门的监管工作，确保项目的顺利进行和合法权益的保障。
综上所述，超容积率补交土地出让金是一个涉及多个环节和部门协作的复杂过程，土地使用者应严格遵守相关法律法规和政策规定，确保项目的合法性和合规性。