违法超占用地补交土地出让金的法律依据主要来源于相关法律法规及政策文件。以下是对此问题的详细解答：
一、主要法律依据
《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》（国务院令第55号）：
- 该条例第四十四条和第四十五条明确规定了划拨土地使用权在特定条件下的转让、出租、抵押行为，并指出需要补交土地使用权出让金。
- 第四十五条详细列出了划拨土地使用权可以转让、出租、抵押的条件，其中包括需要签订土地使用权出让合同，并向当地市、县人民政府补交土地使用权出让金。
《中华人民共和国土地管理法》：
- 虽然该法律未直接提及违法超占用地的土地出让金补交问题，但它规定了土地使用的基本原则和管理要求，为处理此类问题提供了法律基础。
二、相关政策依据
国土资源部《关于严格落实房地产用地调控政策促进土地市场健康发展有关问题的通知》（国土资发〔2010〕204号）：
- 该通知第四条明确提到加强房地产用地监管，坚决制止擅自调整容积率行为，并规定了经依法批准调整容积率后，应补缴的土地出让价款的计算方式。
地方性政策文件：
- 如《监利县国土资源局关于土地审批登记的若干意见》（监土资发〔2010〕25号）等地方性文件，可能具体规定了当地划拨土地使用权补办出让金的标准和方式。
三、补交土地出让金的具体操作
确定补交标准：
- 根据相关法律法规和政策文件，结合当地实际情况，确定补交土地出让金的标准。这通常涉及土地使用权年限、土地级别、新增建筑面积等因素。
计算补交金额：
- 根据确定的补交标准和相关计算公式（如楼面地价乘以新增建筑面积），计算出应补交的土地出让金金额。
办理补交手续：
- 土地使用者需按照当地土地管理部门的要求，提交相关材料并办理补交手续。这通常包括填写申请表、提交土地使用权证书、缴纳出让金等步骤。
四、总结
违法超占用地补交土地出让金的法律依据主要来源于《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》等法律法规，以及相关政策文件和地方性规定。在处理此类问题时，应综合考虑法律法规、政策文件以及当地实际情况，确保补交工作的合法性和规范性。同时，土地使用者也应严格遵守相关法律法规和政策要求，合法合规地使用土地。