关于超容积率补交土地出让金的法律依据及操作流程，这是一个涉及土地管理法规、房地产法律以及地方政策规定的综合性问题。以下我将从法律依据、补缴情形、计算方法、补缴程序以及违规后果等几个方面，为您详细解析这一问题。
一、法律依据
国家层面法律法规：
- 《国务院关于加强国有土地资产管理的通知》明确规定，改变土地用途、容积率等，必须报经市、县人民政府批准，并按规定补交土地差价。
- 《中华人民共和国城市房地产管理法》以及《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》等，也均规定了土地使用者需按出让合同约定支付土地使用权出让金，当容积率发生变化时，需支付相应的差额。
评估与技术规范：
- 依据《国有建设用地使用权出让地价评估技术规范》，当容积率调整时，补缴的土地出让价款应通过新旧土地使用条件下土地使用权市场价格的差额来计算。这一评估需由专业土地估价机构进行，以确保公平合理。
二、补缴情形
- 通常情况下，当容积率增加，导致地块上可建设的建筑面积增加，这意味着土地价值有所提升，因此土地使用者需要补缴土地出让金。
- 然而，在特定情况下，如符合规划且不改变用途的工业用地提高土地利用率和容积率，可能无需补缴土地价款。这需根据具体的地方政策和规定来判断。
三、补缴金额计算方法
普遍原则：
- 补交土地出让金的基本原则是：改变容积率后缴纳的土地出让金减去原容积率下缴纳的土地出让金。
- 在具体计算时，会考虑新的容积率、土地市场价值以及原出让合同条件等因素。
地方具体实施办法：
- 有些地方采用按楼面地价计算的方式，即应补缴土地出让金等于楼面地价乘以新增建筑面积。
- 还有些地方采用分段累进计算的方式，根据容积率调整幅度设定不同的补缴比例。
四、补缴程序
申请与审核：
- 土地使用者需向当地市、县人民政府土地管理部门（如自然资源部门）提出补缴申请，并提交相关材料。
- 土地管理部门会依据相关规定和程序对申请进行审核，并评估确定补缴金额。
通知与协商：
- 审核通过后，土地管理部门会向土地使用权人发出补缴通知单，明确补缴金额、期限等。
- 双方可就补缴事宜进行协商，包括可能的分期缴纳安排。
签订补充协议与缴纳：
- 协商一致后，双方签订补充协议，明确补缴的具体条款，并对原土地出让合同进行相应修改或补充。
- 土地使用权人按补充协议约定将应补缴的土地出让金缴纳至指定财政账户。
办理后续手续：
- 缴纳完成后，土地使用权人需向自然资源部门提交必要证明材料，办理后续的规划、建设等审批手续。
五、违规后果
- 若土地使用者未按规定支付因容积率改变而需补缴的土地出让金，土地管理部门有权依法解除合同，并可请求违约赔偿。
六、地区差异与注意事项
- 需要注意的是，具体补交程序和规定可能因地区而异。因此，在实际操作中，土地使用者应咨询当地相关部门或专业律师以获取准确信息和指导。
- 同时，超容积率建设可能涉及违法违规问题，处理时应谨慎并确保行为合法合规。
综上所述，超容积率补交土地出让金是一个涉及多个环节和部门协作的复杂过程。土地使用者应严格遵守相关法律法规和政策规定，积极配合政府部门的监管工作，以确保项目的顺利进行和合法权益的保障。