灵活就业社保确实可以在个人所得税税前扣除。根据相关政策规定，个人按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，是允许在个人应纳所得税额中扣除的。这一规定同样适用于灵活就业人员。

在具体操作上，由于灵活就业人员是自行缴纳社保，个税系统无法自动获取到这部分信息，因此需要在“个人所得税”APP上手动录入相关的缴费信息。这包括进入汇算清缴界面，找到专项扣除选项，然后依次进入基本养老保险和基本医疗保险模块，按照实际缴纳月份准确录入缴费金额、缴纳地、缴纳类型等信息。

值得注意的是，灵活就业社保的抵扣是全额抵扣应纳税所得额，也就是说，个人以灵活就业身份缴纳的基本养老保险和基本医疗保险的全额都可以用来抵扣个税。

此外，如果发现自己前几年作为灵活就业人员漏填了社保抵扣这一项，也不用担心。根据规定，最近3年内的汇算清缴都可以进行更正申报。只需准备好前几年的缴费记录，在个税APP上更正申报信息，就有机会享受到退税。

总的来说，灵活就业社保是可以在个人所得税税前扣除的，但需要个人自行在个税APP上操作并录入相关信息。希望这个解答能帮到你，如果还有其他问题，欢迎随时咨询。