个体户按灵活就业缴纳社保在申报个税时是可以扣除的。

具体来说，根据《财政部 国家税务总局关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费 住房公积金有关个人所得税政策的通知》（财税〔2006〕10号）的规定，个人按照国家或省（自治区、直辖市）人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，是允许在个人应纳税所得额中扣除的。

此外，在个税汇算清缴时，灵活就业人员缴纳的社保也可以作为个人所得税专项扣除。纳税人需要按照规定的流程进行申报，并提供相关的证据资料。

因此，如果您是个体户并按灵活就业方式缴纳了社保，那么在申报个税时，您是可以将这部分社保费用进行扣除的。请注意，具体的扣除标准和操作流程可能会因地区和政策的不同而有所差异，建议您咨询当地税务部门或专业人士以获取更准确的指导。