当您从灵活就业状态转为单位职工后，关于社保的缴费问题，确实需要按照新的规定和流程来办理。针对您提出的“申请灵活就业后申请停保，单位还可以缴费吗”的问题，以下是我给您的详细解答：
首先，要明确的是，一旦您与单位签订了劳动合同，成为单位的正式职工，单位就有法定义务为您缴纳社会保险费。这意味着，您不能再以灵活就业者的身份继续参保，而需要转为单位职工的参保方式。
那么，具体的办理流程是怎样的呢？
个人先办停缴：在正式成为单位职工之前，您需要先去办理灵活就业的停止缴费手续。这一步是确保您的社保账户从灵活就业状态转为待就业或单位职工状态的关键步骤。
单位再办就业参保：在您完成灵活就业停缴手续后，单位就可以按照在职职工的方式为您办理社保参保手续了。这时，单位会负责为您缴纳社会保险费，包括养老保险、医疗保险、失业保险等。
关于您之前以灵活就业者身份缴纳的养老保险费，您不用担心会清零。无论是灵活就业转企业职工缴费，还是因失业而中断缴费，您前后的缴费年限和养老保险个人账户储存额都是累计计算的，不会因为身份的转变而清零。
综上所述，一旦您从灵活就业状态转为单位职工，并完成了灵活就业停缴和单位就业参保的手续，单位就可以为您正常缴纳社保费了。希望这个解答能够帮到您，如果还有其他问题，欢迎随时咨询。