针对您提出的问题，关于员工负责公司日常投标业务中存在违规操作，且对方公司已发现，该员工可能需要承担的责任，我将从以下几个方面进行详细分析：
一、违规操作可能涉及的法律责任
民事责任：
- 如果员工的违规操作导致对方公司遭受经济损失，对方公司有权要求该员工或其所在公司承担民事赔偿责任。这通常涉及合同法下的违约责任或侵权法下的损害赔偿责任。
行政责任：
- 员工的违规操作如果违反了相关行政法规或行业规定，如招投标法、反不正当竞争法等，可能会受到行政处罚，如罚款、警告、吊销执业资格等。
刑事责任：
- 在某些情况下，如果员工的违规操作构成犯罪，如诈骗罪、串通投标罪等，将可能面临刑事追究。这需要根据具体的犯罪构成要件来判断。
二、责任承担的主体
- 员工个人：如果违规操作是员工个人行为，且未得到公司授权或追认，那么员工个人可能需要承担上述责任。
- 公司：如果员工的违规操作是在公司授权或默许下进行的，或者公司未能尽到合理的管理和监督义务，那么公司也可能需要承担一定的责任。
三、应对建议
- 内部调查：公司应立即进行内部调查，查明违规操作的具体情况，包括责任人员、违规行为的性质、后果等。
- 法律评估：根据调查结果，评估可能涉及的法律风险，包括民事责任、行政责任和刑事责任。
- 与对方公司沟通：在查明事实的基础上，积极与对方公司沟通，寻求和解或协商解决方案。
- 加强内部管理：完善公司内部的招投标管理制度，加强员工的法律培训和职业道德教育，防止类似事件再次发生。
四、结论
综上所述，员工负责公司日常投标业务中的违规操作可能会涉及民事责任、行政责任和刑事责任。具体责任的承担需要根据违规操作的性质、后果以及相关法律法规来判断。建议公司立即进行内部调查，并咨询专业律师进行法律评估，以便采取合适的应对措施。如果您有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，请随时向我咨询。