生育津贴在个税汇算清缴时是可以扣除的，具体来说，它属于免征个人所得税的收入。以下是详细的解答：
一、生育津贴的性质
生育津贴是职工按照国家和省有关规定享受产假或者计划生育手术休假期间获得的工资性补偿。它与产假工资不重复享受，而是两者中选择较高的一个进行享受。生育津贴的计发基数为职工所在用人单位上年度职工月平均工资除以30，按照职工产假或者休假天数计发。
二、生育津贴的个税政策
根据《财政部 国家税务总局关于生育津贴和生育医疗费有关个人所得税政策的通知》(财税〔2008〕8号)的规定，生育妇女按照县级以上人民政府根据国家有关规定制定的生育保险办法，取得的生育津贴、生育医疗费或其他属于生育保险性质的津贴、补贴，是免征个人所得税的。
三、生育津贴在个税汇算清缴中的处理
预扣预缴阶段：个人取得的生育津贴通常通过扣缴单位进行预扣预缴。如果在这个阶段没有将生育津贴作为免税项目填报减除，那么可以在个人所得税APP办理综合所得年度汇算时进行补报。
综合所得年度汇算阶段：在个人所得税APP办理综合所得年度汇算时，你可以将生育津贴填报在“其他免税收入”栏目中申报减除。具体操作步骤包括：选择收入类型为“工资薪金所得”，所得项目小类为“正常工资薪金”，免税事项选择“生育津贴和生育医疗费免税”，然后据实填写金额，并在备注中简要说明实际情况。保存后，该条信息会显示在“其他免税收入”页面，免税金额也会自动在申报表中带出。
四、实例说明
假设小云交完五险一金后，全年应纳税所得额度为8万元，其中包含5万元的生育津贴。如果按照8万元计算，应缴纳个税为5480元。但如果将生育津贴作为免税申报，那么应纳税所得额就变为8万元减去5万元生育津贴，即3万元。此时，小云应缴纳的个税为3万元乘以3%，即900元。因此，小云可以申请退税的金额为5480元减去900元，即4580元。
综上所述，生育津贴在个税汇算清缴时是可以作为免税收入进行扣除的。如果你已经取得了生育津贴，并且在预扣预缴阶段没有享受到免税政策，那么可以在综合所得年度汇算时进行补报，以享受相应的税收优惠。