农村不动产权证的管理涉及多个部门，但最终的登记造册和核发权属证书由县级以上地方人民政府的房地产行政主管部门负责。具体来说：

1. 前期审批与规划：

   • 村民在农村房屋建设前，需向乡镇政府或街道办事处提出建房申请，这些基层政府部门会进行初步审核。
   • 县级自然资源部门则负责农村宅基地和房屋建设的规划管理，审查用地是否符合土地利用总体规划。

2. 不动产登记：

   • 农村房屋建成并通过验收后，村民需向县级不动产登记机构申请不动产登记。该机构会审核相关材料，并进行实地查看、权籍调查等工作。
   • 审核无误后，不动产登记机构会将房屋信息记载于不动产登记簿，并向申请人核发不动产权证书。

3. 档案管理：

   • 不动产登记机构还负责管理不动产登记档案，确保档案的安全和完整。

4. 统一登记与核发权属证书：

   • 县级以上地方人民政府的房地产行政主管部门会同同级土地管理部门，对农村宅基地使用权及房屋所有权进行统一登记造册，并核发不动产权属证书。

综上所述，虽然农村不动产权证的管理涉及多个部门的协作与分工，但最终的权属证书发放和登记管理权限归属于县级以上地方人民政府的房地产行政主管部门。如有任何关于农村不动产权证的问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。