房屋确权这一关键程序，通常由不动产登记机构来管理。具体来说：
城市房屋确权：
- 主要由各地自然资源和规划局旗下的不动产登记中心负责。这一机构承担着审核申请材料、实地查看房屋状况以及最终办理登记确权并颁发不动产权证书的重要职责。
- 申请人需要准备身份证明、土地使用权证（若涉及）、房屋相关证明材料等，提交给不动产登记机构进行审核。
农村土地及房屋确权：
- 涉及宅基地的，一般由乡镇人民政府或县级农业农村部门负责宅基地的审批和管理，这是宅基地上房屋确权的基础工作。
- 最终的产权登记发证工作，仍由县级不动产登记机构负责。
- 在此过程中，自然资源管理局、城建规划部门等也可能需要提供必要的信息支持和协助。
综上所述，房屋确权的具体管理部门会根据房屋所在地（城市或农村）和房屋类型的不同而有所差异。但无论是哪种情况，申请人都需要按照相关法律法规和部门的要求，准备齐全相关材料，并前往指定的部门办理房屋确权手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为您解答。