公交公司开二手车发票确认收入是否合法，需根据具体情况分析。以下是几个关键点的分析：

1. 发票开具的合法性：

   • 公交公司作为公共交通服务的提供者，其主要业务是提供运输服务，而非二手车交易。因此，如果公交公司并非实际进行二手车交易的一方，却开具了二手车发票，这通常是不合法的。发票应当真实反映交易内容和交易双方，否则可能构成虚开发票，违反税法规定。

2. 收入确认的合法性：

   • 收入确认需要遵循会计准则和税法规定。如果公交公司通过开具二手车发票来确认收入，但该收入并非来自其主营业务或实际未发生该笔交易，那么这种收入确认是不合法的。它可能导致公司财务报表的不真实，甚至触犯税法关于虚假申报的规定。

3. 特殊情况下的合法性：

   • 在某些特殊情况下，公交公司可能确实参与了二手车交易，并因此开具发票和确认收入。例如，公交公司可能出售其不再使用的旧车辆。在这种情况下，只要交易真实发生，发票开具和收入确认就是合法的。

综上所述，公交公司开二手车发票确认收入是否合法，取决于其是否真实参与了二手车交易，以及发票开具和收入确认是否符合相关法规。如果公交公司未实际参与二手车交易而开具发票或虚假确认收入，那么这些行为是不合法的。如有具体法律疑问或需要进一步的法律分析，请直接向我咨询。