当员工否认工资条签字时，一般由用人单位申请鉴定。以下是详细分析：

首先，我们要明确，工资条签字属于劳动合同履行过程中的一部分，涉及员工与用人单位之间的权益。当员工否认工资条上的签字时，实际上是在质疑该签字的真实性，这直接关系到劳动合同的执行和双方权益的确定。

从法律角度来看，《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释规定，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。而私文书证的真实性，由主张以私文书证证明案件事实的当事人承担举证责任。在这个情况下，工资条作为私文书证，用人单位提交该证据是为了证明员工已经确认工资条上的内容，包括签字。因此，用人单位应当对工资条上签字的真实性承担举证责任。

如果签字真伪需要由专业机构通过笔迹鉴定来识别，那么根据“谁主张，谁举证”的原则，应当由用人单位来申请鉴定并预交鉴定费。这是因为用人单位是主张签字真实的一方，需要承担证明责任。如果用人单位拒绝申请鉴定或者拒不预交鉴定费，那么将面临举证不能的不利后果，最终可能导致败诉。

当然，如果最终的鉴定结论显示员工签字是真实的，那么根据相关规定，鉴定费用应当由员工一方来负担。这是因为员工的主张被证明是错误的，应当承担相应的法律后果。

综上所述，当员工否认工资条签字时，一般由用人单位申请鉴定，并承担相应的举证责任。如果鉴定结论显示签字真实，则鉴定费用由员工负担。这样既能保障双方的合法权益，也能确保劳动关系的和谐稳定。