当公司在劳动仲裁中指控员工严重失职时，员工可以从以下几个方面进行辩护：

一、审查公司证据

1. 要求公司举证：依据“谁主张、谁举证”的原则，公司需要承担举证责任，提供充分的证据证明员工存在工作失职行为。这些证据可能包括规章制度、工作记录、损失凭证等。
2. 审查证据的真实性与合法性：员工应仔细审查公司提供的证据，关注其真实性、合法性和关联性。例如，公司依据的规章制度是否经过民主程序制定并向员工公示，工作记录是否存在伪造或篡改的情况。

二、评估失职行为及后果

1. 判断失职行为是否成立：员工需要分析公司的指控是否属实，自己是否存在工作失误或失职行为。如果确实存在失误，也需要评估该失误是否达到了“严重失职”的程度。
2. 评估损失大小与关联性：即便存在失误，员工也需要评估该失误是否给公司造成了实际损失，以及损失的大小和与失误之间的直接关联性。如果失误未造成重大损害或与公司所称的损失无直接关联，那么公司解除劳动关系的行为可能构成违法。

三、积极收集有利证据

1. 工作记录与成果：员工应积极收集自己的工作记录、任务完成证明、工作成果报告等有利证据，以证明自己的工作表现和公司解除行为的不合理性。
2. 同事证言与沟通记录：如果可能的话，员工还可以收集同事的证言或与合作方的沟通记录等，以进一步证明自己的工作情况和公司的指控是否属实。

四、依据事实和法律答辩维权

1. 准备答辩材料：基于上述审查、评估和收集的证据，员工应准备详细的答辩材料，明确阐述自己的观点和理由。
2. 参加仲裁庭审：在仲裁庭审中，员工应充分陈述自己的答辩意见，并针对公司的指控进行有力的反驳。同时，保持冷静和理智，避免情绪化的言辞和行为。
3. 主张合法权益：如果公司的指控不成立或解除劳动关系的行为违法，员工可以主张相应的合法权益，包括要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金等。

五、后续法律途径

如果员工对仲裁结果不服，可以在规定时间内向法院提起诉讼，进一步维护自己的合法权益。

综上所述，当公司在劳动仲裁中指控员工严重失职时，员工应保持冷静和理智，从审查公司证据、评估失职行为及后果、积极收集有利证据以及依据事实和法律答辩维权等方面进行全面应对。