当公司未申报员工个税时，这是一个严重的税务合规问题，不仅会对公司产生一系列的法律后果，还会对员工的个人权益造成负面影响。以下是对此问题的详细解答：
一、法律后果对公司的影响
加收滞纳金：
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》，公司未按期缴纳税款，税务机关将从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。这意味着，随着时间的推移，公司需要支付的额外费用将不断增加。
罚款：
- 公司作为个税扣缴义务人，若应扣未扣、应收而不收税款，税务机关将向纳税人追缴税款，并对公司处以应扣未扣、应收未收税款百分之五十以上三倍以下的罚款。
- 同时，若未按规定期限报送代扣代缴税款报告表及相关资料，公司还可能面临二千元以下罚款；情节严重者，罚款金额可达二千元至一万元。
纳税信用等级降低：
- 公司未申报个税将直接影响其纳税信用评级。纳税信用评级的降低可能导致公司在发票领用、税收优惠享受以及银行贷款等方面受到限制。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果公司长期不申报个税，采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或不申报，逃避缴纳税款数额较大且占应纳税额百分之十以上，可能构成逃税罪。这将导致公司法人代表及相关责任人面临刑事处罚。
二、对员工的影响
纳税记录中断：
- 公司未申报个税可能导致员工纳税记录不连续，这会影响员工在购房、购车、落户等方面的资格。
个人信用受损：
- 随着个人纳税信用体系的完善，公司未申报个税可能间接影响员工的个人信用。这可能对员工的贷款、信用卡申请等金融活动产生不利影响。
三、应对措施
及时补报：
- 公司应立即向税务机关补报未申报的个税，并缴纳相应的税款和滞纳金。
加强内部管理：
- 公司应建立完善的财务管理制度和税务合规流程，确保未来能够按时、准确地申报个税。
咨询专业机构：
- 在遇到税务问题时，公司应及时咨询专业的税务律师或会计师，以获得正确的法律指导和帮助。
综上所述，公司未申报员工个税是一个严重的税务合规问题，需要公司高度重视并立即采取行动进行纠正。通过及时补报、加强内部管理和咨询专业机构等措施，公司可以确保未来税务合规并避免类似问题的再次发生。