针对事业单位职工特殊疾病的处理方式，主要可以依据相关的医疗保险政策以及劳动法规进行。以下是一个详细且深度的解答：
首先，对于事业单位职工患有特殊疾病的情况，应参考当地具体的医疗保险政策。以吉林省为例，根据《吉林省省直职工医疗保险特殊疾病管理办法》，特殊疾病主要包括恶性肿瘤放疗、化疗、血液透析、腹膜透析、精神分裂症治疗、结核病抗结核治疗以及移植术后抗排异治疗等。若职工患有这些特殊疾病并需要门诊治疗，可以按照以下步骤进行申办：
准备材料：职工需准备近期明确诊断所患疾病的完整病历复印件（恶性肿瘤需提供病理报告）和诊断书原件，其中诊断书需明确写明诊疗方案。
填写申请表：填写《吉林省省直职工医疗保险特殊疾病申请表》，并由所在单位和选择的定点医疗机构证明情况并签章。
报送审批：将医疗保险证、社会保障卡、诊断证明材料和申请表统一报送至当地社会医疗保险管理局（或相应机构）办理审批手续。
享受待遇：审批通过后，职工即可在选定的定点医疗机构享受特殊疾病门诊医疗待遇。待遇包括特殊疾病基本治疗费用的支付，且一个年度内累计发生的特殊疾病门诊医疗费用可按一次住院结算。
此外，对于患有特殊疾病的职工，除了医疗保险方面的支持外，还应关注其劳动权益。根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，可给予三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，职工的病假工资、疾病救济费和医疗待遇按照有关规定执行。
最后，值得注意的是，不同地区的具体政策可能有所不同。因此，在处理事业单位职工特殊疾病问题时，应首先了解并遵循当地的政策和规定。同时，建议职工和单位密切关注政策变化，以确保能够及时享受到相关待遇和保障。