当借款人与抵押人系同一人，且借款合同未约定管辖法院，而抵押合同中约定了管辖法院时，一般应以抵押合同中的管辖约定为准。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同管辖约定的法律效力：

   • 在合同中约定管辖法院是当事人意思自治的体现，只要该约定不违反法律关于级别管辖和专属管辖的规定，通常应认定为有效。
   • 抵押合同作为借款合同的从合同，其管辖约定在不存在冲突的情况下，对借款合同同样具有约束力。

2. 借款与抵押的关联性：

   • 借款人与抵押人系同一人，意味着借款行为和抵押行为在主体上是一致的。
   • 在这种情况下，抵押合同往往是为了保障借款合同的履行而设立的，两者在目的和效力上具有紧密的联系。

3. 管辖约定的适用：

   • 既然借款合同未约定管辖法院，而抵押合同中却有明确的管辖约定，那么根据合同管辖的“约定优先”原则，应当优先适用抵押合同中的管辖约定。
   • 这有助于避免管辖争议，提高诉讼效率，也符合当事人通过合同约定管辖法院以预见和减少诉讼风险的初衷。

4. 特殊情况的处理：

   • 如果抵押合同中的管辖约定因违反法律关于级别管辖或专属管辖的规定而被认定为无效，那么就需要根据法律规定来确定管辖法院。
   • 在某些特殊情况下，如果借款合同和抵押合同在管辖约定上存在明显的冲突或不一致，且无法根据合同内容或当事人意思自治原则来确定管辖法院，那么可能需要通过诉讼程序由法院来裁定管辖。

综上所述，当借款人与抵押人系同一人，且借款合同未约定管辖法院而抵押合同中约定了管辖法院时，一般应以抵押合同中的管辖约定为准。这一结论既符合合同管辖的“约定优先”原则，也体现了借款合同与抵押合同在主体和目的上的紧密关联性。如有进一步疑问或需要具体法律建议，请直接向我咨询。