当担保人起诉债权人、债务人，且抵押合同和主合同的管辖约定不一样时，通常应根据主合同来确定案件管辖。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
主合同优先原则：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉有关担保制度的解释》第二十一条，主合同或者担保合同约定了仲裁条款的，人民法院对约定仲裁条款的合同当事人之间的纠纷无管辖权。债权人一并起诉债务人和担保人的，应当根据主合同确定管辖法院。
- 抵押合同作为担保合同的一种，其存在和效力依附于主合同。因此，在管辖约定不一致的情况下，主合同的管辖约定具有优先性。
尊重当事人意思自治原则：
- 当事人在合同中明确约定的管辖法院，在不违反级别管辖和专属管辖规定的前提下，应当得到尊重。然而，当主合同与担保合同的管辖约定不一致时，由于担保合同的从属性，主合同的管辖约定通常会被优先考虑。
实际联系原则：
- 协议管辖所选择的法院必须与争议有实际联系，如被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等。这一原则在确定管辖法院时同样适用。
二、实践中的处理方式
审查管辖协议的合法性：
- 首先，需要审查抵押合同和主合同中的管辖协议是否合法有效，包括是否违反了级别管辖和专属管辖的规定，以及是否存在欺诈、胁迫等导致协议无效的情形。
确定管辖法院：
- 在管辖协议均合法有效但存在冲突的情况下，应优先考虑主合同的管辖协议。例如，若主合同约定由A地法院管辖，而抵押合同约定由B地法院管辖，则应以主合同的约定为准，由A地法院管辖。
协商解决或依法移送：
- 如果当事人对管辖法院存在争议，可以尝试通过协商的方式解决。如果协商不成，且受理案件的法院认为自己没有管辖权，应当依法将案件移送给有管辖权的法院。
考虑合并审理的可能性：
- 在某些情况下，为了提高诉讼效率，减少当事人的诉累，法院可能会考虑将主合同和抵押合同纠纷合并审理。但这需要满足一定的条件，如两个纠纷基于同一事实或法律关系等。
三、特殊情况下的处理
债权人单独起诉担保人：
- 如果债权人依法可以单独起诉担保人且仅起诉担保人的，那么应当根据担保合同（即抵押合同）确定管辖法院。但这种情况并不改变主合同优先原则在一般情况下的适用性。
仲裁条款的约定：
- 如果主合同或抵押合同中约定了仲裁条款，那么人民法院对约定仲裁条款的合同当事人之间的纠纷无管辖权。此时，当事人应按照仲裁条款的约定向仲裁机构申请仲裁。
建议：在遇到此类问题时，担保人、债权人或债务人应及时咨询专业律师，以便更准确地理解法律规定，并采取合适的法律措施来维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。