关于“总公司签合同，分公司缴纳社保是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一、法律依据
社保法规定：根据《中华人民共和国社会保险法》等相关法律法规，用人单位有义务为员工缴纳社保费，但并未严格限制具体由哪个主体来缴纳。这为总公司为分公司员工缴纳社保提供了法律上的可能性。
公司法规定：根据《中华人民共和国公司法》第十四条，分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，从法律层面来看，总公司为分公司员工缴纳社保并不违反法律的强制性规定。
二、分公司与总公司的法律关系
一般情况：分公司作为总公司的附属机构，其民事责任由总公司承担。这意味着，即使分公司与员工签订了劳动合同，社保缴纳的责任也可以由总公司来承担。
特殊情况：在某些情况下，分公司可能独立领取营业执照并具备缔约能力，可以独立签订合同。但这并不影响总公司对其民事责任的承担，包括社保缴纳责任。
三、实际操作中的考虑
管理效率和成本控制：许多大型企业出于管理效率和成本控制考虑，选择由总公司统一为员工缴纳社保。这种做法在社保经办机构通常是认可的，并且有助于总公司更好地管理和保障员工的社保权益。
明确各方权益和义务：虽然总公司可以为分公司员工缴纳社保，但在实际操作中应明确各方权益和义务，确保合规性。例如，在劳动合同中应明确约定社保缴纳的相关事宜，以避免潜在的纠纷。
与社保经办机构的沟通：在实际操作中，建议企业与当地社保经办机构进行充分沟通，了解具体政策和操作流程，确保社保缴纳的合规性和有效性。
四、结论与建议
综上所述，在符合一定条件下，总公司签合同、分公司缴纳社保是合法的。但企业在实际操作中应确保合规性，并明确各方权益和义务。建议企业在签订合同时明确约定社保缴纳的相关事宜，并与当地社保经办机构进行充分沟通。如遇复杂情况或争议，应及时咨询专业律师以获取准确的法律意见。