结论：只盖公章没有法人签字的协议，其有效性需根据具体情况综合判断。在符合相关法律法规、双方意思表示真实，且不存在违反强制性规定或违背公序良俗等情形下，该协议通常有效。但特定情况下，如公章被伪造或盗用、合同存在法定无效事由或合同约定了特别生效条件等，该协议可能无效。
详细分析：
公章的法定效力：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同在加盖公章后，通常视为公司对合同内容的认可和承诺。公章作为公司对外意思表示的重要凭证，具有代表公司的法定效力。因此，在一般情况下，即使没有法人签字，仅加盖公章的协议也依法成立并生效。
符合交易习惯或授权：
- 在商业实践中，如果双方根据交易习惯或以往合作模式，认可仅加盖公章即可使协议生效，那么此类协议有效。
- 若公司内部有明确规定，授权特定人员使用公章签订协议，则此类协议同样有效，无需法人额外签字。
履行治愈规则：
- 在签名、盖章或按指印之前，如一方已履行主要义务且对方接受，该协议也被视为已成立。即实际履行可以弥补形式上的不足，使得仅加盖公章的协议有效。
公章被伪造或盗用：
- 如果公章被他人伪造或盗用后加盖在协议上，且公司对此并不知情且未追认，则该协议无效。因为此时的盖章行为并非公司的真实意思表示。
存在法定无效事由：
- 协议内容若违反法律法规的强制性规定，或存在恶意串通、损害国家、集体或第三人利益等法定无效情形，即使加盖了公章，协议也无效。
协议约定特别生效条件：
- 当事人在协议中特别约定了协议必须在签字并加盖公章后才生效的情况下，仅有公章而没有法人签名的协议不会生效。这是尊重当事人意思自治的体现。
建议：
- 明确约定生效条件：在签订协议时，建议明确约定协议的生效条件，以避免不必要的纠纷。如果双方希望协议在签字并加盖公章后才生效，那么应在协议中明确约定这一点。
- 加强公章管理：公司应加强公章的管理，防止公章被伪造或盗用。同时，应建立公章使用登记制度，确保公章的使用情况可追溯。
- 审查协议内容：在签订协议前，应仔细审查协议内容，确保协议内容合法合规，且不存在违反强制性规定或违背公序良俗等情形。
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