结论前置：公司一般不能直接推翻已经作出的工伤认定书，但在特定情况下，公司可以通过合法途径对工伤认定提出异议或申请重新认定。
一、工伤认定的基本流程与性质
工伤认定是由社会保险行政部门依据《工伤保险条例》等法规进行的行政确认行为。一旦社保部门作出工伤认定结论，该结论即具有法律效力，公司和员工均需遵守。公司作为用人单位，在员工发生工伤事故后需依法申报工伤，但申报后并不意味着可以随意推翻认定结果。
二、公司可能推翻工伤认定的情形及方式
对认定结果有异议时：
- 如果公司认为工伤认定结论错误，比如事故不符合“工作时间、工作场所、因工作原因”三要素，可以在收到认定书之日起60日内向本级政府或上级社保部门申请行政复议，或者在6个月内提起行政诉讼。
- 法律依据：《工伤保险条例》第五十五条、《行政复议法》、《行政诉讼法》。
发现新证据或程序违法时：
- 如果公司后续掌握了能证明非工伤的关键证据，比如监控录像显示员工在非工作时间受伤，可以据此申请复议或诉讼。
- 如果社保部门在认定过程中存在程序违法，比如未调查取证即认定，公司也可以通过法律途径主张撤销认定。
特殊情况下的重新认定：
- 在部分地区，如果公司能提供充分证据证明原认定事实不清或适用法律错误，社保部门可能依职权启动复查程序，但此类情况较为罕见且需严格审核。
三、公司需注意的法律风险
举证责任倒置：
- 根据《工伤保险条例》第十九条，公司若对工伤认定有异议，需提供有效证据；否则社保部门的调查核实将作为主要依据。这意味着公司需要承担举证责任，证明工伤认定存在错误。
逾期维权后果：
- 如果公司超过法定复议或诉讼时效期间，将丧失救济权利，工伤认定结论将自动生效。因此，公司必须在规定时间内提出异议或申请重新认定。
恶意抗辩的处罚：
- 如果公司虚构事实或伪造证据试图推翻认定，可能面临行政处罚甚至刑事责任。因此，公司在提出异议时必须确保证据的真实性和合法性。
四、建议措施
及时申报并保留证据：
- 事故发生后，公司应主动配合调查，保存现场记录、证人证言等材料。这些证据在后续提出异议或申请重新认定时可能起到关键作用。
专业法律咨询：
- 公司可以委托律师分析案件细节，评估胜诉可能性并制定维权策略。律师的专业意见可以帮助公司更准确地把握法律风险和维权途径。
合规管理：
- 公司应完善安全生产制度，减少工伤争议发生的概率。通过加强安全管理、提供必要的劳动保护用品等措施，降低员工发生工伤的风险。
总结：公司不能直接推翻已经作出的工伤认定书，但在特定情况下可以通过合法途径提出异议或申请重新认定。公司在提出异议时必须确保证据的真实性和合法性，并遵守法定时效和程序要求。如果你有任何关于劳动工伤的法律问题，可以直接向我咨询。