女职工在产假期间的奖金是否应被扣除，这是一个涉及法律、公司制度以及奖金性质的综合问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律原则与规定
不得因生育降低待遇原则：
- 根据《女职工劳动保护特别规定》第五条，用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳而降低其工资、予以辞退或解除劳动（聘用）合同。这里的“工资”应广义理解为包含基本工资、岗位工资以及常规性劳动报酬，如奖金（在奖金为固定组成部分的情况下）。
- 《中华人民共和国劳动法》第五十一条也强调，女职工在产假期间的合法权益应得到保障，这进一步支持了不得因生育而降低待遇的原则。
生育保险与工资支付：
- 对于已参加生育保险的女职工，产假期间的生育津贴由生育保险基金按用人单位上年度职工月平均工资标准支付。这里的“工资”标准理应包含奖金部分，因为奖金是工资总额的一部分。
- 未参加生育保险的女职工，产假期间的工资由用人单位按产假前工资标准支付，同样应包括奖金。
二、奖金性质与公司制度的考量
固定奖金：
- 如果公司薪酬制度中明确规定奖金为工资的固定组成部分，如每月或每年有固定金额或比例的奖金发放，那么产假期间不应扣除这部分奖金。否则，将违反“不得因生育降低待遇”的原则。
绩效考核奖金：
- 对于与绩效考核挂钩的奖金，处理起来需要更细致。如果女职工在产假前已完成工作任务并达到绩效考核标准，仅因休产假而未能在考核期继续工作，公司应按其之前的工作表现和业绩发放相应奖金。
- 如果女职工产假期间未实际工作，无相应工作业绩，公司可以根据绩效考核结果决定奖金发放情况，但应确保这一做法不违反法律法规和公平原则。
出勤相关奖金：
- 如全勤奖等基于出勤的奖金，由于女职工产假期间无法正常出勤，通常不会发放这类奖金。但这并不违反法律规定，因为此类奖金本就基于出勤条件设定。
三、特殊情况与协商建议
- 对于特殊情况下的奖金发放，如女职工在产假前后对项目的特殊贡献、公司政策的临时调整等，建议女职工与用人单位进行协商，以达成公平合理的解决方案。
- 女职工在休产假前应主动与用人单位沟通相关待遇问题，确保自己的权益得到明确和保障。
- 如遇用人单位违法扣除产假期间奖金的情况，女职工可依法寻求法律援助或向相关部门投诉维权。
总结：
女职工在产假期间的奖金是否应被扣除，需综合考虑奖金的性质、公司制度以及法律规定。但总体上，应遵循不得因生育降低待遇的原则，确保女职工在产假期间的合法权益得到充分保障。如果用人单位违反了这一原则，女职工有权通过合法途径维护自己的权益。