结论前置：公司在员工休带薪丧假3天期间扣除全勤奖的做法是不合理且不合法的，员工有权要求公司恢复其应得的全勤奖。
一、丧假的性质与全勤奖的关系
丧假的性质：丧假是法律赋予员工在其直系亲属（如父母、配偶、子女等）死亡时享有的合法假期。根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条的规定，劳动者在婚丧假期间，用人单位应当依法支付工资。这意味着丧假是一种带薪假期，员工在此期间享受与正常工作期间相同的工资待遇。
全勤奖的定义：全勤奖是公司为了鼓励员工保持全勤工作而设立的一种额外奖励制度。它并非薪水的一部分，而是作为一种福利或激励措施存在。全勤奖的发放通常基于员工在特定周期内（如一个月）是否出现了迟到、早退、请假等情况。然而，对于依法享有的带薪假期，如丧假，不应计入影响全勤奖发放的缺勤范畴。
两者关系：由于丧假是带薪假期，员工在休丧假期间并未实际缺勤，因此公司不应将丧假视为影响全勤奖发放的因素。将丧假认定为影响全勤奖的缺勤情况是不合理的，也是违背丧假制度立法本意的。
二、公司的做法是否合法
法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十一条，劳动者依法享受年休假、探亲假、婚假、丧假期间，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。这一规定明确了员工在休丧假期间应享受的工资待遇，包括全勤奖等福利待遇。
公司做法的违法性：公司在员工休带薪丧假期间扣除全勤奖，实际上是在变相降低员工的工资待遇，这违反了上述法律规定。因此，公司的做法是不合法的。
三、员工的维权途径
友好沟通：首先，建议员工与公司的人力资源部门或上级领导进行友好沟通，明确说明丧假的法律性质以及不应因休丧假而扣全勤奖的依据，要求公司纠正错误做法。
法律途径：若沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，请求他们介入调查并督促公司改正。员工也可以考虑申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。在采取行动前，员工应注意保留好与丧假相关的证明材料，如亲属的死亡证明、请假申请记录等，以便在必要时作为维权的有力证据。
四、进一步思考与建议
了解公司政策：虽然法律规定了员工在休丧假期间应享受的工资待遇，但不同公司的具体政策可能有所不同。因此，员工在入职前或休丧假前应仔细了解公司的相关政策，以便在必要时维护自己的权益。
增强法律意识：员工应增强自己的法律意识，了解自己的合法权益和维权途径。在遇到类似问题时，能够迅速、准确地判断公司的做法是否合法，并采取相应的措施来维护自己的权益。
作为王凯律师，我建议你如果遇到公司扣除带薪丧假期间的全勤奖的情况，首先与公司进行友好沟通，如果沟通无果，再考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。