关于“上班迟到一分钟扣5元是否合法”的问题，结论前置如下：
- 若用人单位规章制度合法且合理，且经过了民主程序制定并公示，同时罚款数额合理且与劳动者迟到行为相适应，则可能被视为合法。
- 若规章制度未经过合法程序、未公示或告知劳动者，或罚款数额不合理，则该规定不合法。
详细分析如下：
合法性基础
- 用人单位的权利：用人单位有权根据其实际运营情况制定劳动规章制度，包括迟到处理办法。但这一权利必须在法律规定的框架内行使，不得侵犯劳动者的合法权益。
- 法律限制：根据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》，用人单位不得随意克扣劳动者工资。克扣工资需有正当理由，且必须遵循法律程序。
合法情况的具体分析
规章制度合法：
- 规章制度应经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，确保制定程序的合法性。
- 规章制度内容不违反法律法规的强制性规定，且已向劳动者公示或告知。例如，通过内部公告、员工手册、电子邮件等方式确保劳动者知晓。
罚款数额合理：
- 罚款数额应与劳动者的迟到行为相适应，不能过高或过低。一分钟扣5块钱的罚款，如果数额在合理范围内，且未对劳动者造成不合理的经济负担，可能被视为合法。但具体合理性需结合行业惯例、公司规模、员工工资水平等因素综合判断。
劳动合同约定：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了迟到的相关处理方式，并且该约定经过了劳动者的同意，同时不违反法律法规的强制性规定和公平合理原则，那么这种约定也可能为罚款的合法性提供依据。
不合法情况的具体分析
无罚款权利：
- 用人单位不具有行政处罚权，因此不能对劳动者进行罚款作为行政处罚。罚款应作为辅助性的管理手段，而非主要的管理方式。
规章制度不合法：
- 规章制度未经过民主程序制定，或内容违反法律法规的强制性规定。
- 规章制度未向劳动者公示或告知，导致劳动者对罚款规定不知情。
罚款数额不合理：
- 罚款数额过高，对劳动者的经济利益造成了不合理的损害。例如，如果劳动者工资水平较低，一分钟扣5块钱可能构成过重的处罚。
- 罚款数额与劳动者的迟到行为不相适应，显失公平。
特殊情况考量
- 如果劳动者无正当理由迟到，且因迟到给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求劳动者赔偿经济损失。但赔偿应从劳动者的工资中合理扣除，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后的剩余工资不低于当地月最低工资标准。
劳动者权益保护
- 如果劳动者认为用人单位的迟到罚款行为不合法，可以与用人单位进行协商，要求纠正不合理的做法并退还已扣除的工资。
- 协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结与建议：
上班迟到罚款一分钟扣5块钱是否合法，需根据具体情况进行综合判断。用人单位在制定和执行罚款规定时，应确保规章制度的合法性、合理性和公平性，同时尊重劳动者的合法权益。劳动者在面对此类规定时，也应了解自身权利，通过合法途径维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。