在工资由两个公司发放的情况下，劳动关系的认定需要综合考虑多个因素，以下是对此问题的详细分析：
劳动合同的签订情况
- 如果劳动者与其中一家公司签订了劳动合同，那么通常情况下，该劳动合同是确立劳动关系的重要法律依据。即便工资由另一家公司发放，也通常认定劳动者与签订劳动合同的单位存在劳动关系。
- 若未签订劳动合同，则需结合其他因素，如用工管理、工作安排等，来综合判断劳动关系。
用工管理和工作安排
- 劳动者接受哪一单位的管理和监督，包括工作任务分配、工作时间安排、绩效考核等，是判断劳动关系的关键。如果劳动者主要接受一家公司的管理和工作安排，那么与这家公司的劳动关系可能性较大。
- 同时，劳动者的工作内容是否属于实际用工单位业务的组成部分，也是考量因素之一。如果工作内容与某家公司的业务紧密相关，那么与这家公司的劳动关系可能性增加。
劳动报酬的性质和支付
- 劳动报酬的性质和构成，如是否与工作业绩、工作时间挂钩，以及是否包含常规组成部分（基本工资、奖金、津贴等），有助于判断劳动关系。如果工资构成与某家公司的薪酬体系相符，那么与这家公司的劳动关系可能性较大。
- 工资支付的稳定性和规律性也是重要指标。通常，用人单位会按固定周期支付工资。如果工资由某家公司定期、稳定地支付，那么与这家公司的劳动关系可能性增加。
其他相关证据
- 社保缴纳情况是判断劳动关系的重要参考。一般情况下，为劳动者缴纳社保的单位与劳动者存在劳动关系。如果某家公司为劳动者缴纳了社保，那么与这家公司的劳动关系可能性较大。
- 工作证件、考勤记录、招聘登记表、其他劳动者的证言等也是判断劳动关系的关键证据。这些证据可以进一步证明劳动者与某家公司的劳动关系。
特殊情况处理：
- 在实践中，可能存在劳动者同时与两家公司存在事实上的劳动关系，但法律上通常只能作为劳务关系处理。这种情况下，需要仔细分析劳动者与两家公司的实际用工情况，以及工资支付、社保缴纳等具体情况，来综合判断劳动关系。
- 对于关联企业之间的混同用工行为，法院可能会认定两家公司承担连带责任。这意味着，如果两家公司存在关联关系，且混同用工，那么劳动者可以向其中任何一家公司主张权益。
综合判断与建议：
- 在确定劳动关系时，应全面收集和分析上述各类证据，特别是劳动合同、用工事实、工资支付凭证等核心证据。
- 如果劳动者与多家公司存在关联，需特别关注实际用工情况和劳动者与哪家公司存在最密切的工作联系。这有助于更准确地判断劳动关系。
- 如果对劳动关系的认定存在疑问或争议，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律分析和建议。
总之，工资由两个公司发放时，劳动关系的认定需要综合考虑多个因素。在处理此类问题时，应全面收集和分析相关证据，确保劳动者的合法权益得到有效保护。