员工自离（即自动离职，未按照公司规定流程办理离职手续）时，工资的扣除情况确实是一个需要细致分析的问题。以下是我为您详细梳理的解答：
一、法律依据与基本原则
首先，我们要明确的是，根据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》，劳动者享有取得报酬的权利，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，用人单位不得克扣或者无故拖欠。这意味着，即使员工自离，只要其已经提供了劳动，就有权获得相应的工资报酬。
二、自离时工资的支付与扣除情形
已提供劳动部分的工资支付：
- 员工自离前已经实际提供了劳动的，用人单位应当按照双方约定或公司规定的工资计算方式，支付其实际工作天数的工资。例如，如果员工在本月工作了10天后自离，那么用人单位应支付这10天的工资。
因自离给单位造成损失的赔偿：
- 如果员工的自离行为给用人单位造成了经济损失，如未完成工作交接导致的项目延误、损坏公司财物等，用人单位可以要求员工进行赔偿。
- 但赔偿金额的计算必须合理，且每月从工资中扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
其他特定情形的扣除：
- 如果员工与用人单位签订了竞业限制协议或服务期协议，并且自离行为构成违约，那么员工需要按照协议约定向用人单位支付违约金。但违约金的数额应当合理，且扣除方式需符合法律规定。
- 另外，如果员工未归还工装、工具或造成财物损坏，用人单位也可以从工资中扣除相应费用，但同样需要确保扣除的合理性和合法性。
三、工厂不能随意扣工资的情形
- 不得以“自离”为由全额扣发工资：员工已付出劳动的，应获得相应报酬。即使自离，也应发放其实际工作期间的工资。
- 不得扣除与损失无关的费用：如以“自离影响团队士气”等为由扣款，属于违法行为。
- 不得低于最低工资标准：扣除后的实发工资不得低于当地最低工资标准。
四、建议处理方式
- 优先协商：与工厂沟通，说明自离原因，争取协商解决工资问题。这有助于减少不必要的纠纷和损失。
- 保留证据：保存考勤记录、工资条、劳动合同等材料，作为维权依据。这些证据在后续的劳动争议处理中非常重要。
- 申请劳动仲裁：若协商无果，可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张补发被克扣的工资。劳动仲裁是解决劳动争议的一种有效方式。
- 法律咨询：在复杂情况下，建议咨询专业律师，评估胜诉概率及维权成本。律师可以提供专业的法律意见和帮助。
五、注意事项
- 避免冲动自离：尽量按公司流程办理离职，减少不必要的纠纷和损失。冲动自离可能会给自己带来不必要的麻烦和损失。
- 警惕霸王条款：若劳动合同或规章制度中存在“自离一律扣半月工资”等不合理条款，可通过法律途径主张无效。这些条款可能违反了相关法律法规，员工有权拒绝执行。
- 关注时效性：劳动仲裁需在离职后一年内提出，逾期可能丧失胜诉权。因此，员工在离职后应及时关注自己的权益问题，并在规定时间内提出仲裁申请。
综上所述，自离时工资的扣除是一个涉及多个法律知识点的复杂问题。在实际操作中，用人单位和员工都应严格遵守相关法律法规，确保工资的支付与扣除合法、合理、有序进行。如果您在自离后遇到了工资扣除问题，建议及时咨询专业律师或相关劳动部门以获取帮助。