结论前置：工厂在员工自离后扣除工资的情况并非固定，而是需结合法律规定、劳动合同约定及企业规章制度来综合分析。一般来说，工厂不得随意克扣工资，若因员工自离给工厂造成经济损失，可依法从工资中扣除赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

一、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：

   • 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

2. 《工资支付暂行规定》第十六条：

   • 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

二、工厂扣工资的常见情形及计算方式

1. 按旷工处理：

   • 自离通常被视为旷工，工厂可能根据规章制度扣除相应天数的工资。
   • 计算公式：\(应扣除工资 = 日工资 \times 旷工天数\)
   • 示例：若日薪为200元，旷工3天，则应扣除600元。

2. 工作交接未完成导致的损失赔偿：

   • 若自离导致项目延误、设备损坏或客户流失，工厂可能要求赔偿损失。
   • 赔偿原则：赔偿金额应从员工工资中扣除，但需遵循法定标准，即每月扣除部分不超过当月工资的20%，并确保扣除后的剩余工资不低于当地月最低工资标准。

3. 培训服务期违约：

   • 若工厂曾出资提供专项培训并约定服务期，员工自离需按比例退还培训费用。
   • 计算公式：\(应退还培训费 = 培训费总额 \times (未履行服务期 / 约定服务期)\)
   • 示例：培训费5万元，服务期5年，工作1年后自离，则需退还4万元。

三、工厂不能随意扣工资的情形

1. 不得以“自离”为由全额扣发工资：

   • 劳动者已付出劳动的，应获得相应报酬。例如，工作至本月15日后自离，应发放前15天的工资。

2. 不得扣除与损失无关的费用：

   • 如以“自离影响团队士气”为由扣款，属于违法行为。

3. 不得低于最低工资标准：

   • 扣除后的实发工资不得低于当地最低工资标准（如北京2023年为2320元/月）。

四、建议处理方式

1. 优先协商：

   • 与工厂沟通，说明自离原因（如家庭急事、健康问题等），争取协商解决工资问题。

2. 保留证据：

   • 保存考勤记录、工资条、劳动合同等材料，作为维权依据。

3. 申请劳动仲裁：

   • 若协商无果，可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张补发被克扣的工资。

五、注意事项

• 避免冲动自离：尽量按公司流程办理离职，减少不必要的纠纷。
• 警惕霸王条款：若劳动合同或规章制度中存在“自离一律扣半月工资”等不合理条款，可通过法律途径主张无效。
• 关注时效性：劳动仲裁需在离职后一年内提出，逾期可能丧失胜诉权。

作为沈泽宇律师，我建议你在面对工厂自离扣工资的问题时，首先了解自己的合法权益，并尝试与工厂进行友好协商。若协商无果，可依据上述法律依据和建议处理方式，通过合法途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。