迟到扣1000元是否合法，这并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要综合考虑多个因素。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 规章制度制定与公示：

   • 企业有权制定规章制度来管理员工，包括考勤制度。但这些制度必须经过民主程序制定，即经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
   • 规章制度制定后，必须向员工公示或告知，如通过公司公告栏张贴、员工手册发放并要求签字确认等方式，确保员工知晓并同意相关规定。如果企业没有做到这些，那么规章制度对员工就不具有法律约束力，迟到扣1000元的规定也就可能无效。

2. 扣工资合理性：

   • 即使规章制度合法且员工已知悉，扣工资的金额也必须合理。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 迟到几分钟就扣除1000元，这样的扣罚金额显然过高，很可能不符合上述规定。如果扣除后的工资低于当地最低工资标准，那么这样的扣罚行为就是违法的。

3. 特殊情况处理：

   • 如果员工因不可抗力等合理原因导致迟到，如自然灾害、交通堵塞等，企业应考虑实际情况，避免盲目扣工资。在这种情况下，迟到扣1000元显然是不合理的。
   • 对于无故迟到的情况，企业在合理范围内扣工资是合法的，但扣罚金额也必须符合上述规定。

给你的建议：

• 如果你认为企业的迟到扣工资行为不合法或存在争议，首先可以尝试与企业协商解决，要求企业纠正错误做法。
• 如果协商不成，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，记得提供相关证据，如工资条、考勤记录、规章制度等，以支持你的主张。

可能产生的法律后果：

• 如果企业确实存在违法扣工资的行为，劳动监察部门或劳动仲裁机构可能会责令企业补发工资、支付赔偿金等。
• 同时，企业也可能因为违反劳动法律法规而面临行政处罚或法律责任。

综上所述，迟到扣1000元是否合法取决于多个因素的综合考量。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。