十二小时工作制在一般情况下是不合法的，但在特定情况下可能合法。 以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下的不合法性
根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是保障劳动者休息权益、维护其身体健康的基本法律原则。因此，在常规情况下，要求员工每天工作12小时显然超出了法定的每日工作时间上限，构成违法行为。
二、特殊情况下的合法性分析
加班程序合规：
- 《劳动法》第四十一条规定，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可延长工作时间，一般每日不得超过一小时；特殊原因下，保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。
- 在此情况下，如果用人单位履行了法定加班程序，并支付了相应的加班工资（平时加班支付不低于工资的150%的报酬；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的300%的报酬），那么包含加班时间的每天工作12小时可能是合法的。
不定时工作制或综合计算工时工作制：
- 特殊行业、岗位经劳动行政部门批准可实行不定时工作制或综合计算工时工作制。
- 综合计算工时工作制下，计算周期内总工作时间不超过法定标准工作时间总数，即使某一天工作12小时，但在一个计算周期内平均下来符合规定，也是合法的。
- 实行这两种特殊工时制度必须经过劳动行政部门审批，用人单位不能自行决定。
紧急情况下的例外：
- 根据《劳动法》第四十二条，发生自然灾害、事故或因其他原因威胁劳动者生命健康和财产安全需要紧急处理，以及生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障影响生产和公众利益必须及时抢修等情形下，延长工作时间可以不受第四十一条的限制。
三、劳动者权益保护与法律责任
- 权益保护：如果用人单位违反工时规定，强制要求员工长时间工作并未按规定支付相应薪资，将被视为严重违法行为。劳动者有权拒绝超过法定工作时间的工作安排，并有权要求用人单位支付加班费或进行相应的补偿。
- 法律责任：若用人单位违法安排劳动者延长工作时间，劳动者可向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门给予警告、责令改正，并可处以罚款。同时，劳动者还有权要求用人单位支付相应的加班工资。
四、建议与行动
- 了解权益：劳动者应充分了解自己的工作时间权益，包括每日和每周的工作时间上限、加班工资的计算标准等。
- 协商与投诉：如果发现用人单位违反工时规定，劳动者应首先与用人单位协商解决争议。协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。
- 保留证据：在维权过程中，劳动者应保留好相关证据，如工作记录、加班通知、工资条等，以便在需要时提供证明。
综上所述，十二小时工作制在一般情况下是不合法的，但存在特定情况和法律程序下可能合法的情况。劳动者应充分了解自己的权益和法律规定，并在必要时采取适当措施维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。