针对您提出的“残疾人不在公司上班，单位缴纳社保是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

首先，根据《中华人民共和国残疾人保障法》的规定，残疾人及其所在单位应当按照国家有关规定参加社会保险。这意味着，无论残疾人是否在公司实际上班，只要其与用人单位建立了劳动关系，用人单位就有义务为其缴纳社会保险。

其次，从《中华人民共和国社会保险法》的角度来看，它明确规定了用人单位和职工在社会保险方面的权利和义务。具体来说，职工应当参加基本养老保险、职工基本医疗保险、工伤保险、失业保险和生育保险，其中养老、医疗、失业保险费由用人单位和职工共同缴纳，而工伤、生育保险费则由用人单位缴纳，职工不缴纳。这些规定同样适用于残疾人职工，无论他们是否在公司实际工作。

再者，关于残疾人就业保障金的问题，虽然它主要与用人单位安排残疾人就业的比例有关，但这也从侧面反映了国家对残疾人就业的重视和支持。用人单位如果未按规定安排残疾人就业，需要缴纳保障金，这进一步强调了用人单位在残疾人就业方面的责任和义务。然而，这并不影响用人单位为已建立劳动关系的残疾人职工缴纳社会保险的法定义务。

综上所述，即使残疾人不在公司上班，只要其与用人单位建立了劳动关系，用人单位就有义务为其缴纳社会保险。这是由国家法律法规明确规定的，也是保障残疾人权益的重要举措。因此，单位为不在公司上班的残疾人职工缴纳社保是合法的，也是必要的。