结论前置：当检察院因证据不足两次将案件退回公安机关补充侦查后，若证据仍然不足，检察院应当依法作出不起诉决定。这一决定体现了刑事诉讼中的“疑罪从无”原则，旨在保护犯罪嫌疑人的合法权益，防止错误追诉。
一、补充侦查的程序与次数限制
法律依据：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条，人民检察院在审查案件时，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。补充侦查以二次为限，且每次补充侦查应当在一个月以内完成。
具体程序：公安机关在接到检察院退回的案件后，应立即进行补充侦查，力求收集到足够的证据材料以满足起诉条件。若经过两次补充侦查仍无法提供充分证据，案件将不再被退回进行第三次补充侦查。
二、不起诉决定的作出与依据
法律依据：同样依据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条，对于二次补充侦查的案件，如果人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
具体阐释：不起诉决定是基于证据不足而作出的，是刑事诉讼中“疑罪从无”原则的重要体现。它旨在防止在证据不充分的情况下对犯罪嫌疑人进行错误追诉，从而保障其合法权益。例如，若案件中关键证据缺失，如目击证人的证言存在矛盾，或者物证无法直接证明犯罪嫌疑人的罪行，检察院在审查后认为无法形成完整的证据链，就会依法作出不起诉决定。
三、对被不起诉人的处理
解除相关强制措施：一旦检察院作出不起诉决定，若犯罪嫌疑人在侦查或审查起诉阶段被采取了强制措施（如拘留、逮捕等），应立即解除这些强制措施，恢复其人身自由。这是为了保障公民的人身自由权利，避免不当的长时间羁押。
封存相关记录（特定情况）：对于未成年人犯罪案件，若检察院作出不起诉决定，应按照法律规定对相关犯罪记录予以封存，以保护未成年人的隐私和未来发展。
四、后续程序监督与救济
公安机关的异议与复议复核：公安机关若认为检察院的不起诉决定有错误，可以要求复议；若意见不被接受，还可向上一级人民检察院提请复核，以确保司法决定的公正性和准确性。
被害人的申诉：被害人对检察院的不起诉决定不服的，可在收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。人民检察院应将复查决定告知被害人，以保障其合法权益。例如，若被害人认为检察院的不起诉决定忽视了关键证据，或者认为犯罪嫌疑人的行为确实构成了犯罪，就可以通过申诉途径来维护自己的权益。
五、其他可能情况
提起公诉：若案件经过补充侦查后达到了事实清楚、证据确实充分的程度，人民检察院会依法提起公诉，将案件移送法院审判。
其他不起诉情形：若公安机关补充侦查后移送审查起诉，检察院审查时发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或有《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一的（如情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；犯罪已过追诉时效期限的等），也应作出不起诉决定；对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定。
总结与建议：当检察院因证据不足两次退回案件给公安机关时，公安机关应进行补充侦查但次数受限。若经两次补充侦查后证据仍不足，检察院应依法作出不起诉决定并妥善处理被不起诉人及相关记录。同时，公安机关和被害人也享有相应的监督和救济途径以确保司法决定的公正性。如果您或您身边的人遇到类似情况，或者有任何法律疑问，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。