在三人共同借款但款项仅打入其中一人账户的情况下，还款责任的判定需结合借款协议约定、款项实际使用情况及各方真实意思表示综合判断，具体分以下情形处理：

1. 若借款协议明确约定“共同借款，款项汇入指定账户”
   即使款项仅打入一人账户，三人仍需承担连带还款责任。根据《民法典》第六百六十七条，借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。若协议中已明确三人为共同借款人，且约定了收款账户（无论是否为其中一人账户），则出借人有权要求任一借款人偿还全部债务，借款人之间内部可按约定或实际使用比例追偿。

2. 若借款协议未明确约定共同借款，但实际为三人共同使用款项
   需结合资金流向、用途、各方行为等证据综合认定。例如：

   • 若款项打入A账户后，A将部分资金转给B、C，或用于三人共同经营的项目，且B、C在借款过程中参与协商、签字或实际使用资金，法院可能认定三人构成事实上的共同借款关系，需共同还款；
     
   • 若B、C仅作为担保人签字，但未实际使用款项，则可能仅承担担保责任（一般保证或连带保证），具体需看担保条款约定。

3. 若仅一人实际使用款项，其他两人未参与且不知情
   其他两人可能不承担还款责任，但需满足以下条件：

   • 出借人明知或应知款项仅由一人使用（如借款协议中明确“仅A为借款人”）；
     
   • 其他两人未在借款协议上签字，或签字时明确表示“仅作为见证人”“不承担还款责任”等；
     
   • 无证据证明其他两人实际参与借款或受益。
     若出借人能证明其他两人以共同借款人身份参与（如口头约定、聊天记录等），仍可能要求其承担责任。

实务建议：

• 对出借人而言：签订借款协议时，务必明确借款人身份、收款账户及还款方式，保留资金流向证据（如转账记录、用途说明）；
  
• 对借款人而言：若未实际使用款项，避免在借款协议上签字；若已签字，需留存未参与借款的证据（如未使用资金的证明、未参与经营的记录等）。
  

如有具体协议或证据材料，可进一步向我说明，我会结合细节为您分析责任划分。