关于“迟到扣全勤是否合法”的问题，结论前置如下：
- 若公司规章制度合法且员工已知悉并同意，迟到扣全勤通常合法。
- 若规章制度制定程序不合法、内容不合理或未告知员工，则迟到扣全勤可能不合法。
详细分析如下：
一、公司规章制度与劳动合同的合法性
规章制度制定程序：
- 公司有权在规章制度中设定考勤管理等行为规范，但这些规定必须经过民主程序（如职工代表大会讨论通过）并向劳动者公示或告知。只有这样，规章制度才具备法律效力。例如，若公司未通过民主程序制定规章制度，或未将规章制度告知员工，员工有权主张该规章制度对其不产生约束力。
劳动合同约定：
- 如果劳动合同或相关文件中明确规定了迟到将扣除全勤奖或相应工资，并且员工已签署同意，那么公司按照约定执行是合法的。但需注意，劳动合同中的约定不得违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准、加班费等。
二、法律法规的遵循
- 根据《中华人民共和国劳动法》等法律法规，员工的工资应当按时足额支付，不得无故克扣或拖欠。因此，公司扣除全勤奖必须有合法依据，即规章制度或劳动合同中的明确约定。
- 规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定。例如，若规章制度中规定“迟到一次即扣除全部工资”，这样的规定显然违反了法律法规，是无效的。
三、规章制度的合理性与公平性
- 公司在设置全勤奖及相应的扣除规则时，应确保其合理性和公平性。例如，全勤奖的金额不应过高，占工资的比例应适中，避免因一次迟到就导致员工工资收入大幅减少。
- 同时，公司应设置合理的迟到次数和时长限制，以及相应的处罚措施。例如，可以规定“每月迟到不超过3次，且每次迟到不超过30分钟，不扣除全勤奖；超过上述次数或时长，则扣除相应比例的全勤奖”。
四、员工权益的保障
- 如果员工认为公司扣除全勤奖的行为不合法或不合理，可以与公司进行协商解决。在协商过程中，员工可以要求公司提供扣除全勤奖的合法依据，并解释扣除的合理性。
- 协商不成的情况下，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动监察部门或劳动仲裁委员会将依法对公司的行为进行审查，并作出公正的裁决。
五、实践建议
公司方面：
- 在制定或修改规章制度时，应确保遵循民主程序和公示要求，并充分考虑员工的意见和建议。
- 劳动合同中应明确约定与考勤管理相关的条款，以确保双方权益的明确性。
- 在执行规章制度时，应确保其公平性和合理性，避免因过度惩罚而导致员工的不满和纠纷。
员工方面：
- 在签署劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是与考勤管理相关的部分，确保自己了解并同意公司的规定。
- 在日常工作中，应遵守公司的规章制度，尽量避免迟到等违规行为。
- 若认为公司扣除全勤奖的行为不合法或不合理，应积极与公司沟通协商，或寻求法律途径维护自己的权益。
总结：迟到扣全勤的合法性是一个综合考量的问题，需要综合考虑公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规的规定。只有在确保各方面都符合法律要求的前提下，公司才能合法地执行相关制度并维护良好的劳动关系。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。