核心结论：铁路职工休年假期间工资被扣是不合法的，职工有权要求单位补发工资，若单位拒绝可通过协商、投诉或法律途径解决。以下是具体分析：

1. 年假工资的法定保障
   根据《职工带薪年休假条例》第二条，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，单位无权以“休年假”为由扣减工资，包括基本工资、岗位津贴等固定收入部分。若单位扣减，属于违法行为。

2. 可能存在的例外情形

   • 职工主动放弃年假：若职工书面提出不休年假，单位可按其日工资收入的300%支付未休年假工资（其中包含单位已支付的正常工资，即额外支付200%）。但若职工未主动放弃，单位强制安排休假并扣工资，仍属违法。
     
   • 职工存在违纪行为：若职工在休假前因严重违纪被单位处罚（如扣发奖金），但年假工资属于法定保障范围，单位仍需全额支付。违纪处罚与年假工资需分开处理。

3. 维权步骤建议

   • 第一步：与单位协商
     向单位人事或财务部门明确提出异议，要求补发工资，并留存书面沟通记录（如邮件、微信聊天记录）。
     
   • 第二步：向劳动监察部门投诉
     若协商无果，可向当地劳动保障监察大队投诉（可通过“全国根治欠薪线索反映平台”或拨打12333热线），提交劳动合同、工资条、考勤记录等证据。
     
   • 第三步：申请劳动仲裁
     若投诉未解决，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张补发工资及可能的赔偿（如单位恶意扣减工资，可要求加付50%-100%赔偿金）。

4. 注意事项

   • 时效性：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权益受损之日起计算。
     
   • 证据保留：务必保存好劳动合同、工资条、年假审批记录等材料，避免单位否认休假事实或工资标准。
     
   • 集体维权：若多名职工遇到同类问题，可联合向工会或上级主管部门反映，增强维权力度。

总结：年假是职工的法定权利，单位扣减工资无合法依据。建议优先通过协商或投诉解决，若单位态度强硬，及时启动法律程序维护权益。如有具体证据或细节需要进一步分析，可随时向我补充说明。