结论：员工离职时，公司是否可以就工作服进行扣款，主要取决于双方是否有合法有效的约定、工作服的性质以及员工的使用情况。以下是对此问题的详细分析：
不可扣款的情况
工作服作为必要劳动保护用品：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位必须为劳动者提供符合国家规定的劳动安全卫生条件和必要的劳动防护用品。如果工作服是为了满足工作安全、卫生等需要而配备的（如建筑工人的安全帽、化工行业的防护服），这属于用人单位的法定义务，离职时不得扣款。
- 举例：小李在一家化工厂工作，公司为其配备了防护服作为劳动保护用品。小李离职时，公司要求其支付防护服的费用，这是不合法的，因为防护服是公司必须提供的劳动保护用品。
无明确约定或变相克扣工资：
- 依据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位应按时足额支付劳动报酬，不得克扣或无故拖欠。若公司未与员工在劳动合同或其他书面文件中明确约定离职时需承担工作服费用，或试图通过离职扣款方式减少员工应得工资，均属违法行为。
- 举例：小张在一家酒店工作，酒店为其提供了统一制服，但未在劳动合同中约定离职时需支付制服费用。小张离职时，酒店要求其支付制服费用，这是不合法的，因为双方没有明确约定。
可以合理扣款的情况
双方有合法有效的约定：
- 如果用人单位与劳动者在签订劳动合同时，已明确约定了工作服的费用承担方式及离职处理办法，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司可按照约定进行扣款。
- 举例：小王在一家高端餐厅工作，餐厅为其提供了定制的高档制服，并在劳动合同中约定，若员工未满约定工作年限离职，需按比例承担制服费用。小王工作一年后离职，餐厅按照约定扣除了部分制服费用，这是合法的。
员工对工作服造成非正常损坏或丢失：
- 在员工使用工作服过程中，若因员工自身的故意或重大过失导致工作服非正常损坏或丢失，公司可以要求员工进行合理赔偿。但公司需提供证据证明损坏或丢失是员工责任，且赔偿金额应合理，以弥补公司实际损失为限。
- 举例：小赵在一家工厂工作，工厂为其提供了工作服。小赵在离职前故意将工作服损坏，工厂要求其赔偿工作服的费用，这是合法的，因为小赵存在故意损坏的行为。
法律建议与行动指南
- 查看劳动合同：员工在离职前，应仔细查看劳动合同或其他书面协议中是否有关于工作服及费用的明确约定。若无明确条款支持公司扣款，则公司的做法可能缺乏依据。
- 与公司协商：若公司要求扣款，员工应先与公司进行友好沟通，指出法律规定和合同中的缺失条款，表达立场和诉求。在协商过程中保持冷静和理性，寻求双方都能接受的解决方案。
- 保留证据：无论协商结果如何，员工都应保留好相关证据材料，如劳动合同、公司规定、工作服发放凭证等，以备后续需要。
- 寻求法律帮助：若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在整个过程中，务必遵循法律程序，确保自己的权益得到充分保障。
综上所述，公司在员工离职时是否可就工作服进行扣款，需综合考虑多个因素。员工在入职时也应注意了解并遵守公司的相关规定，以维护自身合法权益。如有任何疑问或争议，可以直接向我咨询以获取准确指导。