针对您提出的“员工自动离职对公司造成损失怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、法律依据
员工自动离职若给公司造成损失，公司有权依据《中华人民共和国劳动合同法》第九十条要求员工承担赔偿责任。该法条规定，劳动者若违反本法规定解除劳动合同，或违反劳动合同中的保密义务及竞业限制，给用人单位造成损失的，应承担赔偿责任。
二、损失范围的确定
直接经济损失：
- 招录费用：包括招聘渠道使用费、招聘人员人工成本、招聘会场地租赁及宣传费用等。
- 培训费用：若公司为员工提供专业技术培训并支付费用，且双方签订了服务期协议，员工在服务期内自动离职，需按协议约定赔偿培训费用。
- 生产经营损失：如因员工离职导致的生产线停工、订单延误、设备损坏或延误生产造成的损失（含设备维修费用、延误交货的违约金等）。
间接经济损失（虽法律未明确规定，但实践中可能考虑）：
- 商业机会损失：因员工离职错失的合作机会或业务交易导致的预期利益损失。
- 声誉损害损失：员工离职对公司声誉的负面影响，进而影响市场形象和商业信誉。但需注意，此类损失较难量化，且需有充分证据支持。
三、收集证据证明损失
为了准确计算损失金额并作为后续赔偿的依据，公司应收集以下证据：
- 书面材料：如招聘费用发票、培训合同及费用凭证、生产延误产生的额外费用单据等。
- 电子数据：如电子邮件、即时通讯记录、业务系统数据等，证明员工离职对公司业务的影响。
- 证人证言：如同事、客户或合作伙伴的证言，证明员工离职的影响和损失。
四、赔偿的具体方式和标准
- 依据劳动合同约定：若劳动合同中有明确条款且不违反法律法规，按约定执行。
- 根据实际损失确定：若无明确约定，赔偿金额应根据实际损失（包括直接和间接损失，但间接损失需有充分证据支持）来确定。
五、赔偿的执行方式
- 工资扣除：公司可从员工未领取的工资中扣除赔偿金，但需遵守《工资支付暂行规定》第十六条的限制，即每月扣除部分不得超过工资的20%，且扣除后不得低于当地最低工资标准。
- 协商支付：若员工工资不足以赔偿损失，或已离职无法联系，公司应与员工友好协商赔偿金额和支付方式（如一次性或分期支付）。
- 法律追偿：若协商不成，公司可通过法律途径追偿，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，不服裁决时可向人民法院起诉。
六、预防措施
为了避免员工自动离职给公司带来损失，公司可以采取以下预防措施：
- 完善劳动合同：明确双方权利和义务，特别是关于离职赔偿的条款。
- 加强员工管理：提高员工满意度和忠诚度，减少擅自离职的可能性。例如，通过提供良好的工作环境、职业发展机会和福利待遇等。
- 建立离职预警机制：及时发现员工离职倾向并采取措施挽留或减少损失。
综上所述，员工自动离职若给公司造成损失，公司应依法依规要求员工承担赔偿责任，并通过收集证据、协商、仲裁或诉讼等方式解决。同时，公司也应加强内部管理，预防此类事件的发生。