合同无效但已经履行的部分，其处理方式需根据具体情况和相关法律法规进行，主要包括返还财产、赔偿损失以及特殊情形下的财产收缴等措施。以下是对这些处理方式的详细解释：
一、返还财产
原理与目的：
- 合同无效后，因合同取得的财产应予以返还，旨在恢复到合同订立前的状态，消除无效合同产生的财产变动。
分类及处理方式：
- 单方返还：若仅一方取得财产，该方应将财产返还给对方。例如，在无效的买卖合同中，买方已支付货款但未收到货物，卖方应返还货款。
- 双方返还：若双方都取得财产，应互相返还。如无效的租赁合同中，承租人返还房屋，出租人返还租金。
返还方式：
- 能返还原物且有必要返还的，应返还原物。例如，设备买卖合同无效后，若设备未损坏，则卖方应返还货款，买方应返还设备。
- 若原物不存在、已消耗或返还无必要的，应折价补偿。如食品买卖合同无效后，食品已被食用，则应按价值折价补偿。
注意事项：
- 返还财产是法律直接规定的无效合同后果，非违反合同的责任形式。
- 返还应包括实物、货币及孳息等，如借款合同无效时，借款人除返还本金外，还需返还借款期间的利息。
二、赔偿损失
原理与目的：
- 合同无效由一方或双方过错导致时，过错方应赔偿对方因此遭受的损失，基于过错责任原则，旨在弥补无过错方的经济损失。
适用情形：
- 一方故意隐瞒重要事实或提供虚假情况导致合同无效并造成损失的，如隐瞒房屋质量问题的房屋买卖合同。
- 双方都有过错导致合同无效的，应根据各自过错程度分担损失，如双方均无资质的建设工程合同导致的工程质量问题。
赔偿责任确定：
- 综合考虑过错方的过错程度、受害方的实际损失及双方利益平衡等因素。
- 损失赔偿涵盖直接损失（如履行合同支付的费用、财产损毁）和间接损失（如预期可得利益的损失），但间接损失的赔偿需满足可预见性条件。
三、特殊情形的处理
恶意串通损害国家、集体或第三人利益的合同：
- 原理：为维护国家、集体和第三人的合法权益，制裁违法行为，此类合同无效后取得的财产应收归国家所有或返还集体、第三人。
- 适用情形：如甲乙恶意串通低价转让国有资产，合同无效后财产收归国有；丙丁恶意串通处分戊的财产，合同无效后财产应返还给戊。
无法返还或无需返还的财产：
- 若财产因自然损耗、灭失等原因无法返还，或返还无实际意义（如消耗性物品），则应折价补偿。
- 折价补偿的标准通常根据财产的市场价值或实际损失来确定。
四、实际操作建议
立即停止履行：
- 一旦合同被确认无效，应立即停止合同的进一步执行，以避免加剧法律风险和纠纷。
协商解决：
- 与合同对方进行积极沟通，尝试达成新的有效协议替代原合同，明确双方权利义务及已履行部分的处理方式。
- 如协商一致，应签订书面补充协议或新合同，确保双方权益得到法律保障。
法律途径：
- 若协商不成或对方提议不合理，可向法院提起诉讼或申请仲裁，请求确认合同无效并处理已履行部分。
- 诉讼或仲裁过程中需提供充分证据证明合同无效性，如违法违规、重大误解、欺诈等情形。
总结与提醒：合同无效后的处理需根据具体情况和相关法律法规进行，可能涉及返还财产、赔偿损失及特殊情形的处理。在处理过程中，应充分考虑各方当事人的权益，确保公平合理。若您遇到此类问题，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。