员工自动离职时，其工资的计算与支付是一个涉及劳动者与用人单位双方权益的重要问题。以下是对这一问题的详细解答：
一、工资计算原则
正常出勤工资：
- 工资应按照劳动合同约定的工资标准和员工实际出勤天数来计算。具体方法是：月工资除以法定的月计薪天数（通常为21.75天）得出日工资，再乘以实际出勤天数。例如，若月工资为5000元，实际出勤15天，则正常出勤工资为5000÷21.75×15。
- 若工资结构包含基本工资、绩效工资等，绩效工资需根据具体绩效评定办法和实际完成情况来确定。
加班工资：
- 若员工在自动离职前存在加班情况，用人单位应按照法律规定支付加班工资。具体标准为：平时延长工作时间的支付不低于工资的150%，休息日安排工作且不能补休的支付不低于工资的200%，法定休假日安排工作的支付不低于工资的300%。
- 加班工资基数一般按劳动合同约定的正常出勤月工资的70%确定，但不得低于当地最低工资标准。
奖金、津贴等：
- 若员工符合奖金、津贴发放条件，如全勤奖、岗位津贴等，用人单位应按规定发放。若奖金有明确的考核周期和条件限制，员工自动离职可能会影响其获取。
二、工资支付时间
- 用人单位应在规定的工资支付周期内支付工资，通常按照与员工的约定，如每月固定日期发放。
- 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应一次付清员工工资。即便员工自动离职，用人单位也应在确定其实际工作情况后及时结算并支付相应工资。实际操作中，有的公司可能会在次月正常发薪日发放。
三、可扣除的费用
合法扣除项：
- 员工借款或预支款项：在结算工资时可以相应扣除。
- 因个人原因造成损失：若员工在工作期间因个人原因给用人单位造成损失，且有明确证据证明损失与员工行为有直接关联，用人单位可按照合法有效的规章制度从工资中予以扣除。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
经济损失赔偿：
- 如果员工自动离职给公司造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿。这种赔偿并不等同于克扣工资，而是在双方协商一致或者依法仲裁、判决后的合法行为。赔偿应与工资结算分开处理。
四、法律依据
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
总结：员工自动离职时，其工资的计算应基于实际出勤天数、加班情况及合同约定，并依法支付，不得随意克扣。用人单位应确保在解除或终止劳动合同时一次付清员工工资，同时遵守相关法律法规，保障员工的合法权益。对于特殊情况，如损失赔偿，应合理合法处理，并与工资结算分开进行。员工也应了解自身权益，通过合法途径维护自己的利益。