结论：公司以业绩不达标扣员工工资是否合法，主要取决于劳动合同及公司内部规章制度的具体规定，以及这些规定的制定和执行是否符合法律法规。若合同或规章中有明确且合法的约定，且执行过程不违反法律规定，则扣工资可能合法；反之，则可能构成违法行为。
合法情况分析
劳动合同有明确约定
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。若劳动合同中明确约定了业绩考核标准及未达到标准时的工资扣减方式，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照约定扣减工资是合法的。
- 具体分析：例如，某销售公司与员工在劳动合同中明确规定，销售人员每月需达到一定的销售业绩，若未达标，则工资将按一定比例扣减，但扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。这种情况下，公司扣减工资是合法的。
规章制度合法且公示
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并确保内容不违反法律法规的强制性规定，同时应当将规章制度公示或告知劳动者。
- 具体分析：若公司的绩效考核制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），并已向员工公示或告知，同时该制度内容合理，能够客观、公正地反映员工的工作表现和业绩情况，那么依据该制度扣减业绩不佳的员工工资也是合法的。
不合法情况分析
无约定或约定不明
- 具体分析：如果劳动合同中没有关于业绩考核和工资扣减的条款，或者约定不明确，公司在员工业绩不佳时擅自扣减工资是违法的。例如，某公司员工的劳动合同中并未提及业绩考核和工资扣减的相关内容，公司却因员工某月业绩不佳而扣减其工资，这种行为是不合法的。
扣减后工资低于最低工资标准
- 法律依据：依据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
- 具体分析：即使员工业绩不佳，公司扣减工资后也不能使员工的实际工资低于这一标准，否则即为违法。例如，某地最低工资标准为每月2000元，某员工月工资为3000元，若因其业绩不佳而被扣除1200元，导致实际工资低于最低工资标准，这种扣减行为是不合法的。
规章制度不合理或未经民主程序
- 具体分析：如果公司的绩效考核制度存在不合理的内容，或者该制度没有经过民主程序制定和公示，那么依据这样的制度扣减员工工资是不合法的。例如，某公司的绩效考核完全由上级领导主观评定，没有客观的考核指标和评分标准，这种情况下扣减员工工资是不合理的。
员工权益保护建议
面对不合理的工资扣减，员工可以采取以下措施维护自身合法权益：
与用人单位协商：首先尝试与公司的人力资源部门或负责人进行沟通，了解扣工资的具体依据和计算方式，并提出自己的意见和诉求，争取通过协商达成解决方案。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，请求介入调查并处理。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并要求用人单位改正。
申请劳动仲裁或提起诉讼：若问题仍未得到解决，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，可进一步向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，员工需准备充分证据，如劳动合同、工资条、业绩考核记录等，以支持自身主张。
综上所述，公司以业绩不达标扣员工工资是否合法，需综合考虑多方面因素。员工在面对此类问题时，应充分了解相关法律法规，积极维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。