非法占地行为主要由县级以上人民政府自然资源主管部门负责管理和查处。以下是对这一问题的详细分析：

一、主要管理部门及其职责

1. 县级以上人民政府自然资源主管部门

   • 主要职责：对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地等非法占地行为进行监督和查处。这包括责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并可以并处罚款。
   • 法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第七十七条及相关实施条例。例如，《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五十六条规定，依照《土地管理法》第七十六条的规定处以罚款的，罚款额为土地复垦费的2倍以上5倍以下。

2. 农业农村主管部门

   • 主要职责：若非法占地涉及破坏耕地等侵害耕地保护的情况，农业农村主管部门会参与监督管理和执法工作。
   • 法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第三十七条及《基本农田保护条例》。

3. 综合执法部门（如城市管理综合执法部门）

   • 主要职责：在特定区域或针对特定类型的非法占地行为，根据地方规定和改革举措进行查处，集中行使相关行政处罚权。
   • 法律依据：地方性《城市管理综合执法条例》等。

二、处理措施

对于非法占地行为，县级以上人民政府自然资源主管部门将采取以下处理措施：

1. 责令退还土地：要求违法行为人退还非法占用的土地。
2. 恢复原状：要求违法行为人将被非法占用的土地恢复到占用前的状态。
3. 罚款：对违法行为人可以并处罚款，罚款额根据相关规定执行。
4. 没收建筑物：对符合土地利用总体规划但非法占地的，可能没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施。
5. 追究刑事责任：若非法占地行为构成犯罪，将依法追究刑事责任。

三、举报途径

发现非法占地行为时，公众可以向县级以上人民政府自然资源主管部门进行举报，以便及时制止和处理违法行为。举报方式可以通过电话、邮件或现场举报等方式进行。

四、综合分析

非法占地行为不仅违反了国家土地管理法规，还破坏了土地资源的有序利用和保护。因此，各级政府和相关部门应加强协作，共同打击非法占地行为。同时，公众也应积极参与监督，通过合法途径举报非法占地行为，共同维护土地资源的合法权益和社会秩序。

举例说明：假设某企业未经批准擅自占用农用地建设厂房，这一行为就构成了非法占地。县级以上人民政府自然资源主管部门在接到举报或发现这一行为后，将依法进行调查核实，并责令该企业退还非法占用的土地，限期拆除新建的建筑物，恢复土地原状，并可能处以罚款。如果该企业的行为构成犯罪，还将依法追究其刑事责任。

如果您在拆迁安置或经济纠纷领域遇到任何法律问题，欢迎直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。